Dokonując obliczeń w kilku etapach (np.: optymalizując cząsteczkę a następnie obliczanie wartości parametrów NMR), możemy nasze obliczenia wykonać, przygotowując tylko jeden plik wsadowy: Plik nasz musi zawierać linie ze zwrotem --Link1-- po którym umieszczone są kolejne zadania do obliczeń, np.:
--Link1-- Pierwszy etap obliczeń
%Chk=ch2.chk parametry
#P OPT HF/6-31G definicja obliczeń
optymalizacja cząsteczki CH2 komentarz autora
0 1 ładunek, multipletowość
C
H 1 B1 zdefiniowana geometria cząsteczki
H 1 B2 2 A1 w macierzy-Z albo w układzie
B1 1.10165796 kartezjańskim
B2 1.10165796
A1 104.66488044
jedna linia wolna (!)
--Link1-- Drugi etap obliczeń
%Chk=Ch2.chk parametry
#P NMR HF/6-31G Geom=Check Guess=Read pobranie geometrii cząsteczki oraz funkcji
falowej z pliku: ch2.chk
następne obliczenia to NMR komentarz autora
0 1 ładunek, multipletowość
wolna linia
W podobny sposób możemy definiować także większa liczbę zadań w jednym pliku. Dla obliczeń optymalizacji i częstości możemy w linii definiującej obliczenia użyć obok siebie słowa opt i freq, które będą oznaczały dwa zadania: przeprowadź optymalizację oraz policz częstości. Zadania wieloetapowe w niektórych centrach komputerowych nie są wykonywane (takim wyjątkiem są zadania optymalizacja i obliczenia częstości: opt freq) wówczas takie zadania musimy rozłożyć na poszczególne etapy w osobnych plikach.