Interpretacja obliczeń
Po wykonaniu optymalizacji cząsteczki plik wynikowy z rozszerzeniem .log (lub czasami .out) musi zawierać w ostatnich linijkach potwierdzenie poprawnego zakończenia obliczeń napisem: Normal termination of Gaussian. Koniec naszych obliczeń powinien przypominać poniższy przykład:
06,0.670285591\C,-0.4795950067,0.830683007,0.7901372798\H,-0.265537250
8,-1.3148592927,0.6702864184\H,0.6764245261,-1.171601999,-1.4575914283
\H,-0.492371839,0.8528126725,1.8857402953\H,0.0231720542,1.7337413697,
0.428610897\H,-1.5130498793,0.8468029383,0.4286105196\\Version=IA64L-G
03RevC.02\State=1-A\HF=-155.0338007\RMSD=6.218e-09\RMSF=9.885e-05\Dipo
le=0.2646415,-0.4583718,0.3127707\PG=C01 [X(C2H6O1)]\\@
A MAN IS NEVER SO BRILLIANT AS WHEN HE TAKES THE WORDS RIGHT OUT
OF YOUR MOUTH. -- ARNOT SHEPPARD, JR.
Job cpu time: 0 days 0 hours 1 minutes 7.9 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 13 Int= 0 D2E= 0 Chk= 10 Scr= 1
Normal termination of Gaussian 03 at Sat Sep 5 11:10:43 2009.
W pliku tym przed napisem Normal termination of Gaussian mamy informację o czasie obliczeń (Job cpu time), powyżej autorzy umieszczają losową sentencję. Jeszcze wyżej znajduje się sumaryczne podsumowanie obliczeń.
Po z optymalizowaniu geometrii cząsteczki możemy wyświetlić strukturę zoptymalizowanej cząsteczki w programie Molden za pomocą przycisku Read z menu głównego, wówczas pojawia się nam okno, w którym w pierwszym białym obszarze wybieramy pliki, w drugim poruszamy się po katalogach.
Po wczytaniu cząsteczki do programu ukazuje nam się pierwsza struktura podczas optymalizacji, o czym świadczy napis na końcu okna na białym tle Status line: First point.
W tym momencie musimy przejść do ostatniej struktury która powinna mieć najmniejsza energię. W tym celu możemy korzystać z menu Select Point opcji Next, lub od razu nacisnąć przycisk Movie. Opcja ostatnia wyświetla nam „film” z optymalizacji cząsteczki. Przycisk klepsydry umożliwia ustawienie czasu pomiędzy wyświetlanymi klatkami. Ostatnią strukturę powinno się wykorzystywać do dalszych obliczeń, zapisując nowe współrzędne cząsteczki.
Droga optymalizacji (czyli ukazanie jak program szukał struktury o najmniejszej energii) jest przydatna do określenia co dzieje się podczas procesu optymalizacji. Aby wyświetlić drogę optymalizacji wybieramy z menu Convergence opcje Geom. conv., po kliknięciu ukazuje się nam okno z wykresami:
W pierwszym oknie jest to wykres energii w funkcji kroku optymalizacji. Po najechaniu kursorem na punkt wyświetlana jest energia odpowiadająca danemu krokowi optymalizacji. Po kliknięciu na ten punkt zmieniana jest wyświetlana struktura w oknie programu Molden na strukturę odpowiadająca danemu punktowi.
Ze zoptymalizowanych struktur można odczytać parametry geometryczne: długość wiązań i kąty, których wartości możemy wykorzystać w swojej pracy. Należy pamiętać o dokładności prezentowanych danych. Odległości przeważnie podaje się z dokładnością do dwóch miejsca po przecinku (czasem trzech np.: 1.069 Å), wartości katów przeważnie z dokładnością jednego miejsca po przecinku. Należy unikać „gorliwości” podając długość wiązań ze zbyt dużą dokładnością np. 4-5 miejsc po przecinku (jest to typowy błąd popełniany przez studentów przygotowujących swoje prace dyplomowe do pierwszego czytania dla promotora).
Najczęściej popełniane błędy
Nie jesteśmy w stanie przedstawić wszystkich błędów oraz problemów, ale niektóre, te najbardziej podstawowe zamieszczamy poniżej:
-
Brak w pliku wsadowym pustej linii na końcu pliku, błąd jest zgłaszany komunikatem na końcu pliku:
H -0.68354 1.18392 2.97233
H -0.17018 2.07308 1.52033
H -1.71026 1.18392 1.52033
End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in /opt/apps/gaussian/g03-medium/g03/l101.exe at Sat Sep 5 12:11:37 2009.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 8 Int= 0 D2E= 0 Chk= 10 Scr= 1
rozwiązaniem jest wstawienie pustej linii (w edytorze tekstowym zapomogą klawisza enter na końcu pliku).
-
Optymalizacja prowadzi do dziwnej geometrii cząsteczki, fragmenty „rozlatują” się, następuje dziwne przegrupowania. Problem leży w nie właściwym zbudowaniu cząsteczki startowej, należy pamiętać że jak dodajemy atom wodoru do węgla starajmy się zachowywać odpowiednią geometrię wynikająca z hybrydyzacji oraz odległości i kąty między atomami. (np: długość wiązania C-H wynosi około 1Angstrema, C-C około 1.5Angstrema). Wyświetlenie drogi optymalizacji pozwala na z ilustrowanie co się dzieje z cząsteczką i znalezienie miejsca błędu. Proszę zwrócić uwagę na struktury w których atomy nakrywają się lub wiązania się przecinają – na 99% takie struktury nie będą z optymalizowane i obliczenia zakończą się błędem.
Wszelkie nieuwzględnione problemy prosimy zgłaszać w komentarzach, postaramy się napisać rozwiązania do nich.