Gausssum_logo

Program GaussSum służy do wyodrębnienia informacji z plików wynikowych z takich programów jak ADF, GAMESS, GAMESS UK, Gaussian, Jaguar. Korzystając z tego programu można wykonać

Wyszukiwanie ciągu znaku w pliku wynikowym,
śledzić postępy konwergencji SCF,
śledzić postępy optymalizacji geometrii,
oraz analizować,
orbitale molekularne,
DOS, COOP,
UV-Vis,
CD Dichroizm kołowy,

Czytaj więcej: GaussSum

Przygotowanie pierwszego pliku z obliczeniami

Po narysowaniu cząsteczki (a także czasami po wstępnej optymalizacji) przychodzi taki moment, w którym musimy już przygotować obliczenia. Program Gaussian, tak samo jak inne programy tego typu wymagają pliku tekstowego ze strukturą cząsteczki oraz z zadanymi parametrami. Najprościej plik ten można przygotować używając programów graficznych – na przykład Moldena lub polecany przez autorów Gaussiana program GaussView. W naszej Praktycznej Szkole Modelowania Molekularnego nauczymy się programu Gaussian wraz z wyżej wymienionym programem Molden, który umożliwia budowanie inputów (plików wsadowych) nie tylko do programu Gaussian.

Materiały multimedialne są w dwóch formatach jako filmy (pliki .avi) oraz jako Flash ( pliki .swf). Związku z dużym rozmiarem tych plików, spakowaliśmy je w do postaci zip. Jeżeli ktoś miałby problem z otwarciem oraz ściągnięciem tych plików, wówczas możemy wysłać je niespakowane na maila. Materiały te przygotował Paweł Grabowski.

Proszę sciągnąć odpowiedni plik na komputerze, a następnie rozpakować go oraz zapoznać się z materiałem:

Konstruowanie cząsteczek (spakowany plik avi (2.5Mb), spakowany plik swf(2.5Mb))

Obracanie cząsteczki, powiększanie, zmniejszanie (spakowany plik avi (2.3Mb), spakowany plik swf (1.7Mb))

Pomiar długości wiązań, kątów (spakowany plik avi (2.5Mb), spakowany plik swf (1.8Mb))

Pomiar odległości (spakowany plik avi (2.0Mb), spakowany plik swf (1.7Mb))

Zmiana sposobu wyświetlania (spakowany plik avi (2.9Mb), spakowany plik swf (3.0Mb)

 

Program Molden posiada swoje własne, zewnętrzne pole siłowe – ambfor (Amber/GAFF). Za jego pomocą możemy dokonywać optymalizacji (minimalizacji) geometrii utworzonej cząsteczki. Proces ten prowadzi do ułożenia atomów w przestrzeni tak aby geometria cząsteczki odpowiadała strukturze w minimum energetycznym. Program Molden posiada również oprócz własnego pola siłowego implementację innych pól siłowych, tj. MM3, Charmm, Amber, AmoebaPRO, Sybyl oraz Quanta Charmm.
Czytaj więcej: Wstępna optymalizacja struktury za pomocą programu Molden

Zapis do pliku

Zapisanie skonstruowanej cząsteczki do pliku można zrobić dwojako:

Z poziomu edytora Z-macierzy w okienku File name Wpisujemy nazwę pliku (wraz z rozszerzeniem) oraz wybieramy format pliku (GAMESS US/UK, Gaussian, Mopac, Cartesian). Opcja Cartesian posiada menu kontekstowe z możliwością wyboru formatu pliku dla współrzędnych kartezjańskich (XYZ, Mol2, MSF, Tinker, Tinker QM/MM). Po wpisanu nazyw pliku klikamy przycisk Write Z-Matrix i całość zapisuje się do pliku, który znajduje się w katalogu programu Molden.

Czytaj więcej: Zapisywanie do pliku w programie Molden
  1. Konstrukcja cząsteczki w programie Molden
  2. Molden -
  3. Przesyłanie plików do Centrów Komputerowych
  4. ArgusLab - Rafał Koczeń
  • Jesteś tutaj:  
  • Start