Program Molden był tworzony z myślą i systemach Linuxowych w środowisku graficznym X-Window. Nie mniej jednak możliwa jest także instalacja i używanie programu w systemach rodziny Windows.

Instalacja w systemach Windows

Pierwszą czynnością niezbędną do używania programu Molden w systemie Windows jest instalacja emulatora X-ów. Możemy wybrać darmowy program Xming:

http://downloads.sourceforge.net/sourceforge/xming/Xming-6-9-0-31-setup.exe?use_mirror=sunet

Instalacja tego programu jest intuicyjna więc nie powinna nastręczać żadnych problemów. Po instalacji uruchamiamy z Menu start > Programy > Xming > Xming. Po uruchomieniu program widoczny jest jako małą ikonka w prawym dolnym rogu - tray-u.

Jeżeli występują problemy z wyświetlaniem czcionek w Xming-u, wówczas możemy pobrać dodatkowe czcionki z serwera:

http://sourceforge.net/projects/xming/files/Xming-fonts/Xming-fonts-7-4-0-3-setup.exe/download

Drugim etapem jest instalacja programu Molden, który można pobrać bezpośrednio ze strony producenta, w postaci pliku zip.

ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/bin/Windows/molden_windows_nt_95.zip

Program rozpakowujemy do katalogu C:\Program Files\Molden. Następnie musimy otworzyć w notatniku plik o nazwie Molden.csh, który znajduje się w katalogu Moldena. Zamieniamy wiersz:

"//c/Program Files/StarNet/X-Win32/Xwin32.exe" &
na następujący:
"C:\Program Files (x86)\Xming\xming.exe" &

Jeżeli zainstalowaliśmy program Xming w innym katalogu niż domyślny, to w wierszu tym wpisujemy odpowiednią ścieżkę. Teraz bez problemów powinniśmy uruchomić program Molden za pomocą wykonania pliku Molden.exe.

Instalacja w systemach Linux

Opis instalacji i/lub kompilacji Moldena znajduje się na stronie producenta programu:

http://www.cmbi.ru.nl/molden/linux.html