Zapis do pliku
Zapisanie skonstruowanej cząsteczki do pliku można zrobić dwojako:
Z poziomu edytora Z-macierzy w okienku File name Wpisujemy nazwę pliku (wraz z rozszerzeniem) oraz wybieramy format pliku (GAMESS US/UK, Gaussian, Mopac, Cartesian). Opcja Cartesian posiada menu kontekstowe z możliwością wyboru formatu pliku dla współrzędnych kartezjańskich (XYZ, Mol2, MSF, Tinker, Tinker QM/MM). Po wpisanu nazyw pliku klikamy przycisk Write Z-Matrix i całość zapisuje się do pliku, który znajduje się w katalogu programu Molden.
Z poziomu okienka Molden Control, służy do tego przycisk Write z menu Miscellaneous. Po kliknięciu na w/w przycisk ukazuje się menu kontekstowe z możliwością wybrania formatu pliku:
Po wybraniu formatu pliku wpisujemy nazwę pliku wraz z rozszerzeniem. Plik zostaje zapisany w folderze, w którym został uruchomiony Moldena.