PDBĆwiczenie
Badanie struktury przestrzennej hemoglobiny1 - posługiwanie się bazą PDB

 


Podczas modelowania układów biologicznych opartych na białkach pierwszym etapem jest uzyskanie struktury przestrzennej białka. Geometrię białka uzyskuje się z badań eksperymentalnych głównie z rentgenografii strukturalnej lub z badań techniką nuklearnego rezonansu magnetycznego (NMR). Białka o ustalonej już geometrii są zdeponowane w różnych bazach. Jedną z takich baz oferująca ok. 30 tysięcy struktur jest PDB (Protein Data Bank) dostępna pod adresem: http://www.rcsb.org/pdb/.

Po wejściu na stronę www.rscb.org/pdb/, wyszukiwanie odpowiedniej struktury zaczynamy od wpisania słów kluczowych. Wyszukiwanie hemoglobiny dokonujemy wpisując w polu Serach the Archive angielską nazwę: hemoglobin. Z uzyskanych rezultatów wybieramy odpowiednie białko np.:





Klikając na odpowiedni link (EXPLORE, lub numer 1BZ0), uzyskujemy więcej informacji o białku. Spakowaną strukturę białka pobieramy klikając ikonę . Po pobraniu struktury i jej rozpakowaniu, otwieramy ją odpowiednim programem. Struktura białka została ustalona metodami rentgenograficznymi związku z czym nie zawiera atomów wodoru, dlatego potrzebne jest uzupełnienie atomami wodoru brakujących miejsc.

 
G

Posługując się programem GaussView wybieramy z menu File opcję Open?, a następnie ustawiamy w opcji Pliki Typu: Brookhaven PDB Files (*.pdb *.ent) i otwieramy rozpakowany plik ze strukturą białka. Program, podczas ładowania struktury, proponuje dodanie atomów wodoru (Would you like to add hydrogens to your PDB structure?), zgadzamy się wybierając Yes. Po tych operacjach możemy przystąpić do analizowania struktury i odpowiedzi na pytania.

HyperChem

Posługując się programem HyperChem, wybieramy z menu File opcję Open, a następnie ustawiając w opcji Pliki typu: Brookhaven PDB (*.ENT), otwieramy rozpakowany plik ze strukturą białka. Uzupełnienie wodorami dokonujemy wybierając z menu Build opcję Add Hydrogens. Po tych operacjach możemy przystąpić do analizowania struktury i odpowiedzi na pytania.

Rasmol

Dodatkowe informacje oraz podejrzenie struktury drugorzędowej białka możemy dokonać, korzystając z darmowego programu RasMol.2 Otwieramy plik ze strukturą, wybierając z menu File opcję Open. Zmianę sposobu wyświetlania struktury dokonujemy, korzystając z menu Display wybierając odpowiednią opcje (np.: Ribbons lub Wireframe), zaś zmianę kolorów elementów wyświetlanych dokonujemy wybierając którąś z opcję (np.: Chain) z menu Colours.

Oglądając i analizując strukturę hemoglobiny odpowiedz na następujące pytania:

  1. Z ilu podjednostek białkowych składa się hemoglobina?
  2. Jaka jest struktura szkieletu hemu -płaska czy wypukła?
  3. Z czym koordynują atomy żelaza występujące w białku (jakie to są aminokwasy, grupy)?
  4. Jakie struktury drugorzędowe występują w białku? -proszę skorzystać z programu RasMol.


[1] Ze względu na dużą ilość atomów w cząsteczce dokonujemy jedynie w tym ćwiczeniu analizy gotowej struktury białka po uzupełnieniu jej atomami wodoru.

[2] Więcej informacji oraz program można uzyskać na stronach: http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/doc/rasmol.html