Obliczenia powierzchni energii potencjalnej (PES) możemy przygotować korzystając z programu graficznego GaussView.
W tym celu po skonstruowaniu cząsteczki definiujemy zmieniający się parametr wybierając z menu Edit opcję Redundant Coord editor, lub ikonę z menu. Po wybraniu tej opcji pojawia się nowe okno, z którego klikamy lewą górna ikonę .
Następnie w zakładce Coordinate wybieramy typ zmieniającego się parametru (Bond, Angle, Dihedral). Potem klikamy na rysunku cząsteczki odpowiednie atomy tworzące kat lub wiązanie. W miejscu gdzie są znaki zapytania wprowadzone zostają automatycznie numery atomów. Po zdefiniowaniu tego klikamy następną opcję, z której wybieramy ostatni element z listy Scan Coordinate. Jeżeli wprowadzamy kilka zmieniających się parametrów, wówczas możemy się miedzy nimi poruszać klikając małe ikony koło nich ( lub ). Po przygotowaniu parametrów zamykamy okno, a następnie z menu Calculate wybieramy Gaussian i w zakładce Job type wybieramy opcje Scan. Pod spodem pojawia się dodatkowa opcja, z której wybierając Normal przeprowadzimy obliczenia bez relaksacji układu, Relaxed – przeprowadzimy dodatkowo optymalizację układu przy odpowiednich wartościach zdefiniowanych parametrów. Następnie ustawiamy dodatkowe, opcję: metodę, bazę itp. oraz wykonujemy obliczenia.
Po obliczeniach otwieramy plik programem GaussView. Na wykresie możemy przejść do poszczególnych punktów obliczenia skanu korzystając z menu powyżej rysunku cząsteczki . Wykres zmiany energii od kroku możemy uzyskać wybierając z menu Results opcję Scan
Wykresy dwu wymiarowe można uzyskać korzystając z programu GaussView 4, lub po wyciągnięciu odpowiednich danych wykonać siatkę wykorzystując któryś z programów posiadający możliwość tworzenia wykresów 3-D: Gnuplot, Surfer, OriginPro etc.