GaussView_screen
Obliczenia powierzchni energii potencjalnej (PES) możemy przygotować korzystając z programu graficznego GaussView.

 

W tym celu po skonstruowaniu cząsteczki definiujemy zmieniający się parametr wybierając z menu Edit opcję Redundant Coord editor, lub ikonę GaussView_screenz menu. Po wybraniu tej opcji pojawia się nowe okno, z którego klikamy lewą górna ikonę GaussView_screen .

 

Następnie w zakładce Coordinate wybieramy typ zmieniającego się parametru (Bond, Angle, Dihedral). Potem klikamy na rysunku cząsteczki odpowiednie atomy tworzące kat lub wiązanie. W miejscu gdzie są znaki zapytania wprowadzone zostają automatycznie numery atomów. Po zdefiniowaniu tego klikamy następną opcję, z której wybieramy ostatni element z listy Scan Coordinate. Jeżeli wprowadzamy kilka zmieniających się parametrów, wówczas możemy się miedzy nimi poruszać klikając małe ikony koło nich (GaussView_screen lub  GaussView_screen). Po przygotowaniu parametrów zamykamy okno, a następnie z menu Calculate wybieramy Gaussian i w zakładce Job type wybieramy opcje Scan. Pod spodem pojawia się dodatkowa opcja, z której wybierając Normal przeprowadzimy obliczenia bez relaksacji układu, Relaxed – przeprowadzimy dodatkowo optymalizację układu przy odpowiednich wartościach zdefiniowanych parametrów. Następnie ustawiamy dodatkowe, opcję: metodę, bazę itp. oraz wykonujemy obliczenia.

Po obliczeniach otwieramy plik programem GaussView. Na wykresie możemy przejść do poszczególnych punktów obliczenia skanu korzystając z menu powyżej rysunku cząsteczkiGaussView_screen . Wykres zmiany energii od kroku możemy uzyskać wybierając z menu Results opcję Scan

GaussView_screen

Wykresy dwu wymiarowe można uzyskać korzystając z programu GaussView 4, lub po wyciągnięciu odpowiednich danych wykonać siatkę wykorzystując któryś z programów posiadający możliwość tworzenia wykresów 3-D: Gnuplot, Surfer, OriginPro etc.

A4 Infociacho