Ze względu na bardzo szeroki wachlarz podejmowanych działań chciałbym, żeby baza pojedynczych prezentacji obejmowała różne zagadnienia dotyczące modelowania i nie tylko. Bazą do przeprowadzania szkolenia będą zebrane i uzupełnione materiały z pierwszej edycji szkoły. Materiały te będą dostępne w dwóch formach jako książka i prezentacja interaktywna. Prezentacja interaktywna w tym roku będzie pewnym novum ponieważ mamy możliwość korzystania z technik do przygotowania takich prezentacji. W poprzednim roku były to prezentacje bardziej klasyczne chociaż nie zabrakło filmów.

Szkolenie będzie dotyczyło wybranego pakietu obliczeniowego. Na samym początku myślimy o produktach firmy Gaussian. Ponieważ jest to wysoka jakość produktów i najbardziej popularne narzędzie chemika teoretyka. Jeżeli firma ta będzie miała zastrzeżenia do łączenia ich oprogramowania z darmowym softwareem do analizy wyników i przygotowania obliczeń, wówczas przeniesiemy się na inne oprogramowanie, GAMESS, ADF, etc..

Szkolenie będzie składało się z bloków, za każdy blok będzie odpowiedzialna 1-2 osoby wraz z małą grupą.

 

PODSTWAWY

1. Wstęp

  • Podstawowe informacje dotyczące:
  • używania naszego wykładu,
  • sposobu pracy z e-kursem ,
  • komunikacja z prowadzącymi,
  • panel dyskusyjny, wymiana informacji i plików na platformie
  • logowanie się na maszyny w obliczeniowe,
  • przesyłanie plików,
  • dostęp do programów,
  • przygotowanie projektu badań

2. Oprogramowanie

  • wykorzystywanych do obliczeń teoretycznych
  • komercyjne (Gaussian, ADF)
  • darmowe (GAMESS)
  • do przygotowania obliczeń oraz analizy wyników
  • komercyjne (GaussView, ChemCraft)
  • darmowe (Molden, Gabedit, Gausssum etc.)
  • konwertowanie różnych formatów zapisu struktury

3. Pierwszy etap obliczeń

  • przygotowanie obliczeń
  • metody, bazy
  • ładunek, multipletowość, temperatura, ciśnienie
  • format macierzy-Z, układ kartezjański

4. Praktyczne przygotowanie struktur cząsteczek

  • używanie programu Molden (lub innego oprogramowania)
  • budowa struktur prostych związków,
  • budowa struktur układów biologicznych,
  • zmiana parametrów geometrycznych,
  • przydatne sztuczki z użyciem programu molden.
  • własne budowanie struktur (Każdy z użytkowników będzie musiał zbudować kilka struktur związków z których korzysta lub będzie korzystał podczas procesu modelowania)
  • rozwiązywanie napotkanych problemów w pracy

5. Pierwsze teoretyczne obliczenia

  • Wstawianie obliczeń do kolejki
  • Rodzaje kolejek
  • Rożne rodzaje plików (rwf, chk, fchk, cub)
  • Kasowanie z kolejek
  • Restart obliczeń

OBLICZENIA ORAZ INTERPRETACJA WYNIKÓW

1. Optymalizacja

  • droga optymalizacji
  • wizualizacja wyników
  • energia optymalizacji

2. Energie

  • E, H, G
  • przeliczanie jednostek
  • szacowanie wartości

3. Powierzchnia energii potencjalnej PES

  • przygotowanie obliczeń,
  • wizualizacja wyników,
  • interpretacja danych,

4. Drgania IR, Raman

  • przygotowanie obliczeń,
  • wizualizacja wyników,
  • interpretacja danych,

5. Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp, NBO)

  • przygotowanie obliczeń,
  • wizualizacja wyników,
  • interpretacja danych,

6. Molekularny elektrostatyczny potencjał (MEP)

  • przygotowanie obliczeń
  • wizualizacja wyników
  • interpretacja danych

7. Energia oddziaływania, błąd superpozycji bazy (BSSE)

  • przygotowanie obliczeń
  • wizualizacja wyników
  • interpretacja danych

8. Mechanizm reakcji chemicznych (Transition state)

  • przygotowanie obliczeń
  • stany przejściowe i różne algorytmy (QST, QST2, QST3)
  • produkty przejściowe
  • praktyczne rady dotyczące znalezienie właściwej ścieżki reakcji chemicznej
  • wizualizacja wyników
  • interpretacja danych

9. Weryfikacja mechanizmów reakcji chemicznych

  • przygotowanie obliczeń
  • wizualizacja wyników
  • interpretacja danych

10. Orbitale

  • przygotowanie obliczeń
  • wizualizacja wyników
  • interpretacja danych

DODATKOWE TEMATY

1. Po co chemikowi teoretykowi znajomość standardów

  • przedstawienie standardów ISO
  • zastosowanie

Ilość tematów może ulec zmianie, mogą zostać dodane dodatkowe prezentacje. Prezentacje, szkolenia, materiały będą dostępne dla uczestników szkoły poprzez portal po zalogowaniu się. Ze względu na wielkość materiałów, oraz zachęcenie do uczestnictwa aktywnego w Szkole, jedynie materiały demonstracyjne będą dostępne bez logowania dla innych użytkowników. Uczestnictwo jest darmowe, każdy ma więc szanse na dostęp do tych materiałów.

Część materiałów jest już przygotowana, ale część jeszcze wymaga obróbki, grafiki lektora. Jeżeli chesz aby całe Szkoła była dopieta na ostatni guzik i wszystko zrealizowane włącz się aktywnie w przygotowywanie.  Naprawde warto !!