Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Analiza QSAR i predykcja log P

Jacek Kujawski, Anna Myka

Wesja na pełny ekran

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Nanotechnologia obliczeniowa

Michał Hermanowicz

Wersja lektora:  Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem

Nanotechnologia obliczeniowa

Wersja lektora:

Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem

 

Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego

Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych

Sporządzenie pełnego profilu energetycznego reakcji chemicznej, wraz z kluczowymi produktami pośrednimi oraz stanami przejściowymi, jest dla badaczy nie lada wyzwaniem. Obecnie żaden algorytm zaimplementowany w dostępnym  oprogramowaniu do modelowania molekularnego, nie daje użytkownikowi wprost ścieżki modelowanej reakcji począwszy od substratów poprzez produkty pośrednie a skończywszy na produkcie końcowym. W procedurach modelowania mechanizmów reakcji konieczna jest wiedza chemiczna pozwalająca na racjolane  zaprojektowanie wszystkich etapów  potencjalnej ścieżki reakcji. Niezwykle pomocnym narzędziem w tych obliczeniach może okazać się program Gaussian, który dostarcza  użytkownikowi wiele metod (QS, QST2, QST3, TS), służących do obliczania między innymi: stanów  przejściowych   na podstawie struktur, które są zbliżone do: samego stanu przejściowego, substratów, produktów czy też produktów pośrednich.  Pomimo tego, że modleowanie mechanizmów reakcji nie jest łatwe, to nie należy się zrażać, trzeba bowiem pamiętać, że cierpliwa praca daje w końcu upragnione rezultaty. Poniżej chcieliśmy zaproponować kilka etapów, które naszym zadniem są niezbędne podczas modelowania mechanizmów reakcji chemicznych.