Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.

 Konstruowanie cząsteczki

Na samym początku zapoznajmy się z zapisem Z-macierzy.

Konstruowanie cząsteczki w Moldenie odbywa się za pomocą edytora Z-macierzy (przycisk ZMat Editor w podmenu Miscellaneous. Czynność ta nie należy do intuicyjnych i zapewne będzie wymagała poćwiczenia w tworzeniu cząsteczek tym sposobem.

Logo_molden

Molden jest darmowym programem służącym do przygotowania obliczeń teoretycznych oraz do wizualizacji wyników wykonanych w programach takich jak: GAMESS UK, GAMESS US, Gaussian, Molpro, Molcas, Jaguar, ADF, Dalton, Mopac/Ampac. Za pomocą tego programu możemy wyświetlać strukture związków, drogę optymalizacji, orbitale molekularne, gęstość elektronową, potencjał elektrostatyczny (ESP), moment dipolowy, a także ładunki Mullikena. Oprogramowanie to umożliwia również śledzenie ścieżki reakcji chemicznych (IRC) oraz wizualizację drgań cząsteczki. Program ma możliwość optymalizacji geometrii, posiada własne pole siłowe – ambfor, które może w połączeniu z polami siłowymi Amber (dla białek) oraz garfla (dla małych cząsteczek) wykorzystać do optymalizacji. Niewątpliwie jedną z największych zalet programu jest rozbudowany edytor Z-macierzy, który daje pełną kontrolę geometrii cząsteczki i pozwala budować molekuły od podstaw, a także korzystać z bibliotek struktur. Za pomocą programu można również tworzyć różnego rodzaju instrukcje graficzne, np.: PostScript, X-Window, VRML, PovRay, OpenGL.

Dział ten opracował Paweł Grabowski, poprawki M. Doskocz

Zaawansowane obliczenia wymagają stabilnych i wydajnych systemów operacyjnych, dlatego prawie wszystkie Centra Komputerowe mają zainstalowane systemy operacyjne z rodziny Unix oraz Linux. Zainstalowane tam oprogramowanie do modelowania jest dla odpowiedniej wersji systemowej. Pierwszym krokiem korzystania z komputerów w Centrum Obliczeniowym np.: WCSS, PCSS, CI TASK jest skopiowanie odpowiednich plików na maszynę.

Kopiowanie plików w systemie Linux, Unix

Posiadając jeden systemów operacyjnych z rodziny Linux bądź Unix na swoim komputerze możemy skopiować plik korzystając z polecenie scp

ArgusLab

ArgusLab jest programem bezpłatnym, oferuje on użytkownikowi możliwość tworzenia struktur chemicznych, umożliwia także wykonanie obliczeń optymalizacji geometrii i własności molekularnych z wykorzystaniem metod półempirycznych MNDO, AM1, PM3 i ZINDO...

 

 

 

Rysowanie wzorow ISIS DRAW Mamy zaszczyt przedstawić fragment kursu autorstwa dr Piotra Wojciechowskiego z Politechniki Wrocławskiej. Fragment kursu opisuje w jaki sposób rysować wzory chemiczne korzystając z programu MDL ISIS/Draw. Oryginalna strona kursu znajduje się www.eportal-ch.pwr.wroc.pl Jeszcze raz dziękujemy autorowi za udostępnienie materiałów.