Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.
Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody
2.2.1 Przygotowanie obliczeń
Podstawowym oknem programu jest:1
2.2.6 Zmiana sposobu wyświetlania cząsteczek
W programie HyperChem zmianę sposobu wyświetlania cząsteczki dokonujemy przez wybranie z menu Display opcji Rendering. Następnie w nowym oknie w zakładce Rendering Method wybrać sposobu wyświetlania cząsteczki:1
Sticks Ball Overlapping Dots Sticks & Dots and Cylinders Spheres
2.2.7 Przyprowadzanie obliczeń do uruchomienia
Program HyperChem umożliwia oprócz skonstruowania cząsteczki, przeprowadzenie obliczeń. W tym celu wybieramy z menu Setup metodę, następnie ustawiamy w oknie, które się pojawi parametry między innymi bazę oraz ładunek.
Po zatwierdzeniu przechodzimy do menu Compute i wybieramy odpowiedni rodzaj obliczeń na przykład:
Single Point - program liczy energię dla zadanej struktury.
Geometry Optimization - program przeprowadza optymalizację układu. (patrz rozdział 3.2)
Vibrations - program oblicza częstości, oraz inne parametry. Po skoczeniu tych obliczeń można przejść do następnych obliczeń, które wcześniej nie były aktywne
2.2.8 Zapisywanie poszczególnych etapów obliczeń
Program HyperChem umożliwia częściowe zapisywanie wyników podczas obliczeń poszczególnych etapów. Dokonujemy to poprzez włączenie w menu File opcji Start Log, a następnie podanie nazwy pliku, do którego będą zapisywane informacje. Standardowo program nie tworzy plików z wynikami obliczeń, dlatego po zakończeniu obliczeń trzeba zapisać strukturę i wyniki, wybierając z menu File opcje Save.
Strona 9 z 23