Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.

Potencjał korelacyjno wymieny

Potencjał korelacyjno-wymienny B3LYP
 
Paweł Grabowski

Teoria funkcjonałów gęstości (DFT – Density Functional Theory) jest zbiorem metod obliczeniowych chemii kwantowej bazującej na gęstości elektronowej stanu podstawowego badanego układu. Powyższe zdanie jest treścią pierwszego twierdzenia Hohenberga-Kohna, które wraz z drugim twierdzeniem Hohenberga-Kohna, mówiącym o tym, że dla energii stanu podstawowego

Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody

2.2.1 Przygotowanie obliczeń

Podstawowym oknem programu jest:1
 Hyperchem_screen

2.2.6 Zmiana sposobu wyświetlania cząsteczek

W programie HyperChem zmianę sposobu wyświetlania cząsteczki dokonujemy przez wybranie z menu Display opcji Rendering. Następnie w nowym oknie w zakładce Rendering Method wybrać sposobu wyświetlania cząsteczki:1

 

 Hyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screen

 

Sticks Ball Overlapping Dots Sticks & Dots and Cylinders Spheres

 

2.2.7 Przyprowadzanie obliczeń do uruchomienia

Program HyperChem umożliwia oprócz skonstruowania cząsteczki, przeprowadzenie obliczeń. W tym celu wybieramy z menu Setup metodę, następnie ustawiamy w oknie, które się pojawi parametry między innymi bazę oraz ładunek. 

Hyperchem_screen

Po zatwierdzeniu przechodzimy do menu Compute i wybieramy odpowiedni rodzaj obliczeń na przykład:

Single Point - program liczy energię dla zadanej struktury.

Geometry Optimization - program przeprowadza optymalizację układu. (patrz rozdział 3.2)

Vibrations  - program oblicza częstości, oraz inne parametry. Po skoczeniu tych obliczeń można przejść do następnych obliczeń, które wcześniej nie były aktywne

Hyperchem_screen


2.2.8 Zapisywanie poszczególnych etapów obliczeń

Program HyperChem umożliwia częściowe zapisywanie wyników podczas obliczeń poszczególnych etapów. Dokonujemy to poprzez włączenie w menu File opcji Start Log, a następnie podanie nazwy pliku, do którego będą zapisywane informacje. Standardowo program nie tworzy plików z wynikami obliczeń, dlatego po zakończeniu obliczeń trzeba zapisać strukturę i wyniki, wybierając z menu File opcje Save.