Aktualności
Abc - Spektroskopii Ramana
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II , Abc... Spektroskopii Ramana
Diana Dołęga
Nanotechnologia obliczeniowa
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Nanotechnologia obliczeniowa
Michał Hermanowicz
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2
Prezentacja:
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2. Przykłady widm do analizy oraz symulacji
dr Alina T. Dubis
Zakład Chemii Organicznej Instytut Chemii Uniwersytetu w Białymstoku, Al. J. Piłsudskiego 11/4, 15-443 Białystok
molnet.eu
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 1
Prezentacja:
Spektroskopia w podczerwieni IR, cz. 1,
ABC IR oraz sztuka analizy widm
Agnieszka i Marek Doskocz
portal molnet.eu
molnet.eu
Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych
Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych
Sporządzenie pełnego profilu energetycznego reakcji chemicznej, wraz z kluczowymi produktami pośrednimi oraz stanami przejściowymi, jest dla badaczy nie lada wyzwaniem. Obecnie żaden algorytm zaimplementowany w dostępnym oprogramowaniu do modelowania molekularnego, nie daje użytkownikowi wprost ścieżki modelowanej reakcji począwszy od substratów poprzez produkty pośrednie a skończywszy na produkcie końcowym. W procedurach modelowania mechanizmów reakcji konieczna jest wiedza chemiczna pozwalająca na racjolane zaprojektowanie wszystkich etapów potencjalnej ścieżki reakcji. Niezwykle pomocnym narzędziem w tych obliczeniach może okazać się program Gaussian, który dostarcza użytkownikowi wiele metod (QS, QST2, QST3, TS), służących do obliczania między innymi: stanów przejściowych na podstawie struktur, które są zbliżone do: samego stanu przejściowego, substratów, produktów czy też produktów pośrednich. Pomimo tego, że modleowanie mechanizmów reakcji nie jest łatwe, to nie należy się zrażać, trzeba bowiem pamiętać, że cierpliwa praca daje w końcu upragnione rezultaty. Poniżej chcieliśmy zaproponować kilka etapów, które naszym zadniem są niezbędne podczas modelowania mechanizmów reakcji chemicznych.
NBO -2009
Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody
Zapis cząsteczki w postaci Z-macierzy i w układzie kartezjańskim
Struktura cząsteczki jest zapisywana przeważnie w formacie macierzy-Z (ang. z-matrix) z wykorzystaniem współrzędnych wewnętrznych lub w układzie kartezjańskim.
Skrypt do Chemii Kwantowej - Dr Łukasz Rajchel
Drugim doskonałym kompendium wiedzy z chemii kwantowej która jest dostępna w internecie jest skrypt doktora Łukasz Rajchela z Pracowni Chemii Kwantowej Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego. -obecnie Faculty of Chemistry, University of Duisburg-Essen, Germany
Energia - Geometria - Optymalizacja
Mając najprostszą cząsteczkę dwuatomową wiemy, że istnieje pewna optymalna odległość między atomami gdzie energia układu jest najmniejsza. Odległość tą nazywamy długością wiązania. Możemy ją obliczyć poprzez obliczanie energii dla kolejnych odległości między atomami. W ten sposób możemy sporządzić wykres zależności energii od odległości między atomami. W takim przypadku uzyskaną krzywą nazywamy krzywą energii potencjalnej. Minimum energii odpowiada geometrii, w której cząsteczka występuje w stanie stacjonarnym, to znaczy w badanym medium ilość cząsteczek o danej geometrii jest największa.
Przeliczanie energii
Jednym z podstawowych umiejętności podczas interpretacji obliczeń teoretycznych jest przeliczanie wartości energii na różne jednostki. Obliczenia wykonywane na przykład programem Gaussian zwracają wartość energii w Hartree.
Różne formaty zapisów struktury
W modelowaniu molekularnym spotykamy różne formaty zapisu struktury związków, najpopularniejszymi formatami są układ kartezjański x,y,z, z-macierz, .pdb, czy .cif. Prawda jest taka, że istnieje cały szereg formatów zapisu, medot konwersji, rodzaju przydatności czy oprogramowania.
Wstęp do modelowania
Modelowanie Komputerowe
Modelowanie molekularne, zwane inaczej chemią obliczeniową, ma zastosowanie zarówno w chemii, biochemii, inżynierii materiałowej jak i w nanotechnologii. Rozwój komputerów oraz programów sprawił, że w ostatnich czasach stało się ono dostępne dla wszystkich, a obliczenia chemiczne można już przeprowadzać na komputerze osobistym. Koszt oraz czas badań teoretycznych jest niejednokrotnie o wiele mniejszy niż wstępne badania praktyczne a uzyskane wyniki coraz bardziej zbliżają się do wyników eksperymentalnych. Korzystając z dobrodziejstw chemii teoretycznej możemy już dziś z bardzo dobrymi rezultatami przewidzieć właściwości fizyczne i chemiczne, modelować reakcje oraz stany przejściowe, symulować widma spektroskopowe, czy też badać układy bardziej skomplikowane, jakim są centra aktywne enzymów. Możemy także projektować leki oraz nowe materiały. Modelowanie komputerowe często nie może dać jednoznacznej odpowiedzi na zadawane pytania, ale w znaczny sposób pomaga zrozumieć oraz rozwiązać problemy. Wszechstronnie wykształcony chemik powinien umieć korzystać z najnowszych dobrodziejstw, jakim niewątpliwie jest wsparcie badań eksperymentalnych obliczeniami.
Elektryczny moment dipolowy
Elektryczny moment dipolowy jest wektorową wielkością fizyczną, która opisuje dipol. Dipol jest układem ładunków elektrycznych o tej samej wartości lecz posiadających przeciwny znak ... więcej w artykule Pawła Grabowskiego.
Potencjał korelacyjno-wymienny B3LYP
Hyperchem - jeszcze raz od podstaw
Mamy zaszczyt przedstawić fragment kursu autorstwa dr Piotra Wojciechowskiego z Politechniki Wrocławskiej. Fragment kursu opisuje pierwsze kroki w programie chemicznych HyperchemR. Oryginalna strona kursu znajduje się http://eportal-ch.pwr.wroc.pl Jeszcze raz dziękujemy autorowi za udostępnienie materiałów.
Strona 1 z 4