Zmiana kolejności atomów w Z-macierzy
Jedną z umiejętności, których warto znać jest wykonywanie przenumerowania Z-macierzy. Przydaje się ona w odpowiednim przygotowaniu plików do obliczeń powierzchni energii potencjalnej, a także w innych, bardziej zaawansowanych obliczeniach. Czynność tą możemy wykonać korzystając z programu Molden. W tym celu należy wczytać strukturę, zapisać ją pod nową nazwą, a następnie wczytać zapisany plik. Po otwarciu pliku otworzyć ZMAT editor oraz wybrać przycisk Reorder Z-matrix, następnie zaznaczamy kolejno atomy w takiej kolejności, jaką byśmy chcieli w nowej Z-macierzy. Obrót cząsteczki dokonujemy, trzymając lewy klawisz myszy oraz klawisz Ctrl, Esc służy do anulowania numeracji. Po przenumerowaniu wychodzimy ZMAT editor oraz zapisujemy naszą nową Z-macierz w pliku.