Opis praktyczny zagadnienia "Energia - Geometria - Optymalizacja" - Przygotowanie obliczeń w programie HyperChem.
Po skonstruowaniu cząsteczki, wybieramy z menu Setup metodę, w której będziemy dokonywać obliczeń z Molecular Mechanics, Semi-empirical, Ab Initio, Density Functional. W nowym oknie, które się pojawi, i tak kolejno:
Po zaakceptowaniu ustawień na ekranie widzimy zmieniającą się geometrię cząsteczki i po pewnym czasie ostateczną geometrię w minimum energetycznym. Obliczenia możemy przerwać wybierając z menu Cancel.
Programem Hyperchem umożliwia optymalizację zaznaczonych fragmentów cząsteczki. Po zaznaczeniu atomów lub fragmentów cząsteczek w podobny sposób jak powyżej dokonujemy optymalizacji w wyniku której uzyskujemy zoptymalizowaną geometrię dla zaznaczonego rejonu. Ułożenie niezaznaczonych elementów nie ulega zmianie.
Aby włączyć zapis obliczeń do pliku wybierają z menu File opcję Start Log uzyskujemy zapisany wynik optymalizacji w pliku. Cząsteczka po skończonej optymalizacji osiąga minimum energetyczne, a jej energię można odczytać w lewym dolnym rogu ekranu, pod obszarem roboczym.
