Jedną z podstawowych umiejętności, które musimy zdobyć, aby zacząć modelowanie jest sprawna konstrukcja cząsteczek oraz układów tak, aby odzwierciedlały nasze zamierzenia. W szczególności istotne jest to, kiedy poszukujemy stanu przejściowego i korzystamy z algorytmu, w którym musimy podać hipotetyczny stan przejściowy (qst3).
Do konstrukcji cząsteczek wykorzystamy w na naszej szkole progam Molden, jeżeli ktoś zna inny program i wie jak wyeksportować z niego do z-macierzy lub układu kartezjańskiego, to może się nim posługiwać.
