Przegląd oprogramowania chemicznego innego niż wymienione w głównych kategoriach.

Gausssum_logo

Program GaussSum służy do wyodrębnienia informacji z plików wynikowych z takich programów jak ADF, GAMESS, GAMESS UK, Gaussian, Jaguar. Korzystając z tego programu można wykonać

Wyszukiwanie ciągu znaku w pliku wynikowym,
śledzić postępy konwergencji SCF,
śledzić postępy optymalizacji geometrii,
oraz analizować,
orbitale molekularne,
DOS, COOP,
UV-Vis,
CD Dichroizm kołowy,

Czytaj więcej: GaussSum

Przygotowanie pierwszego pliku z obliczeniami

Po narysowaniu cząsteczki (a także czasami po wstępnej optymalizacji) przychodzi taki moment, w którym musimy już przygotować obliczenia. Program Gaussian, tak samo jak inne programy tego typu wymagają pliku tekstowego ze strukturą cząsteczki oraz z zadanymi parametrami. Najprościej plik ten można przygotować używając programów graficznych – na przykład Moldena lub polecany przez autorów Gaussiana program GaussView. W naszej Praktycznej Szkole Modelowania Molekularnego nauczymy się programu Gaussian wraz z wyżej wymienionym programem Molden, który umożliwia budowanie inputów (plików wsadowych) nie tylko do programu Gaussian.

Program Molden posiada swoje własne, zewnętrzne pole siłowe – ambfor (Amber/GAFF). Za jego pomocą możemy dokonywać optymalizacji (minimalizacji) geometrii utworzonej cząsteczki. Proces ten prowadzi do ułożenia atomów w przestrzeni tak aby geometria cząsteczki odpowiadała strukturze w minimum energetycznym. Program Molden posiada również oprócz własnego pola siłowego implementację innych pól siłowych, tj. MM3, Charmm, Amber, AmoebaPRO, Sybyl oraz Quanta Charmm.
Czytaj więcej: Wstępna optymalizacja struktury za pomocą programu Molden

Materiały multimedialne są w dwóch formatach jako filmy (pliki .avi) oraz jako Flash ( pliki .swf). Związku z dużym rozmiarem tych plików, spakowaliśmy je w do postaci zip. Jeżeli ktoś miałby problem z otwarciem oraz ściągnięciem tych plików, wówczas możemy wysłać je niespakowane na maila. Materiały te przygotował Paweł Grabowski.

Proszę sciągnąć odpowiedni plik na komputerze, a następnie rozpakować go oraz zapoznać się z materiałem:

Konstruowanie cząsteczek (spakowany plik avi (2.5Mb), spakowany plik swf(2.5Mb))

Obracanie cząsteczki, powiększanie, zmniejszanie (spakowany plik avi (2.3Mb), spakowany plik swf (1.7Mb))

Pomiar długości wiązań, kątów (spakowany plik avi (2.5Mb), spakowany plik swf (1.8Mb))

Pomiar odległości (spakowany plik avi (2.0Mb), spakowany plik swf (1.7Mb))

Zmiana sposobu wyświetlania (spakowany plik avi (2.9Mb), spakowany plik swf (3.0Mb)

 

Zapis do pliku

Zapisanie skonstruowanej cząsteczki do pliku można zrobić dwojako:

Z poziomu edytora Z-macierzy w okienku File name Wpisujemy nazwę pliku (wraz z rozszerzeniem) oraz wybieramy format pliku (GAMESS US/UK, Gaussian, Mopac, Cartesian). Opcja Cartesian posiada menu kontekstowe z możliwością wyboru formatu pliku dla współrzędnych kartezjańskich (XYZ, Mol2, MSF, Tinker, Tinker QM/MM). Po wpisanu nazyw pliku klikamy przycisk Write Z-Matrix i całość zapisuje się do pliku, który znajduje się w katalogu programu Molden.

Czytaj więcej: Zapisywanie do pliku w programie Molden

 Konstruowanie cząsteczki

Na samym początku zapoznajmy się z zapisem Z-macierzy.

Konstruowanie cząsteczki w Moldenie odbywa się za pomocą edytora Z-macierzy (przycisk ZMat Editor w podmenu Miscellaneous. Czynność ta nie należy do intuicyjnych i zapewne będzie wymagała poćwiczenia w tworzeniu cząsteczek tym sposobem.

Czytaj więcej: Konstrukcja cząsteczki w programie Molden

Logo_molden

Molden jest darmowym programem służącym do przygotowania obliczeń teoretycznych oraz do wizualizacji wyników wykonanych w programach takich jak: GAMESS UK, GAMESS US, Gaussian, Molpro, Molcas, Jaguar, ADF, Dalton, Mopac/Ampac. Za pomocą tego programu możemy wyświetlać strukture związków, drogę optymalizacji, orbitale molekularne, gęstość elektronową, potencjał elektrostatyczny (ESP), moment dipolowy, a także ładunki Mullikena. Oprogramowanie to umożliwia również śledzenie ścieżki reakcji chemicznych (IRC) oraz wizualizację drgań cząsteczki. Program ma możliwość optymalizacji geometrii, posiada własne pole siłowe – ambfor, które może w połączeniu z polami siłowymi Amber (dla białek) oraz garfla (dla małych cząsteczek) wykorzystać do optymalizacji. Niewątpliwie jedną z największych zalet programu jest rozbudowany edytor Z-macierzy, który daje pełną kontrolę geometrii cząsteczki i pozwala budować molekuły od podstaw, a także korzystać z bibliotek struktur. Za pomocą programu można również tworzyć różnego rodzaju instrukcje graficzne, np.: PostScript, X-Window, VRML, PovRay, OpenGL.

Dział ten opracował Paweł Grabowski, poprawki M. Doskocz

Czytaj więcej: Molden -

Zaawansowane obliczenia wymagają stabilnych i wydajnych systemów operacyjnych, dlatego prawie wszystkie Centra Komputerowe mają zainstalowane systemy operacyjne z rodziny Unix oraz Linux. Zainstalowane tam oprogramowanie do modelowania jest dla odpowiedniej wersji systemowej. Pierwszym krokiem korzystania z komputerów w Centrum Obliczeniowym np.: WCSS, PCSS, CI TASK jest skopiowanie odpowiednich plików na maszynę.

Kopiowanie plików w systemie Linux, Unix

Posiadając jeden systemów operacyjnych z rodziny Linux bądź Unix na swoim komputerze możemy skopiować plik korzystając z polecenie scp

Czytaj więcej: Przesyłanie plików do Centrów Komputerowych

ArgusLab

ArgusLab jest programem bezpłatnym, oferuje on użytkownikowi możliwość tworzenia struktur chemicznych, umożliwia także wykonanie obliczeń optymalizacji geometrii i własności molekularnych z wykorzystaniem metod półempirycznych MNDO, AM1, PM3 i ZINDO...

 

 

 

Czytaj więcej: ArgusLab - Rafał Koczeń

Rysowanie wzorow ISIS DRAW Mamy zaszczyt przedstawić fragment kursu autorstwa dr Piotra Wojciechowskiego z Politechniki Wrocławskiej. Fragment kursu opisuje w jaki sposób rysować wzory chemiczne korzystając z programu MDL ISIS/Draw. Oryginalna strona kursu znajduje się www.eportal-ch.pwr.wroc.pl Jeszcze raz dziękujemy autorowi za udostępnienie materiałów.

Czytaj więcej: Rysowanie wzorów chemicznych - MDL ISIS/Draw