Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.
Kwasowość Brønsteda
Dawid Gąszowski
Wstęp
Równowagi kwasowo - zasadowe składają się na podstawy chemii. Szczególnego znaczenia nabiera kwasowość ciągle powiększającej się grupy związków o charakterze superkwasowym. Tego typu związki znajdują zastosowanie jako katalizatory. Wiele z nich, np. klatki karboranowe, cz y zeolity to ciała stałe, więc "klasyczne" definicje kwasowości oparte o pH, czy funkcję kwasowości Hammet'a są bezużyteczne. Z tąd konieczność obliczeń.
To opracowanie ma na celu pokazać sposób opisu kwasowości w fazie gazowej za pomocą chemii obliczeniowej.
Reakcja protonowania
Reakcja protonowania zasady B w fazie gazowej jest dana równaniem:
- Bn-1(g) + H+(g) → BHn(g)
Deskryptorem kwasowości w chemii obliczeniowej jest powinowactwo protonowe zasady B zdefinowane następująco w fazie gazowej:
- PA(Bn-1)=ΔEel + Δ(ZPVE) + ΔEt + ΔEr + ΔEv + Δ(pV)
- ΔEel = [ Etot(Bn-1) + Etot(H+) - Etot(BH)]
Na powyższe równania składa się różnica całkowitych energii substratów i produktów reakcji protonowani - ΔEel , różnica energiipunktów zerowych reagentów, Δ(ZPVE), różnice energii wynikacjące ze zmiany liczby translacyjnych, rotacyjnych i oscylacyjnych stopni swobody - ΔEt,r,v . Wszystko to złożone razem daje ujemną standartową entalpię reakcji protonowania w fazie gazowej.
Struktura cząsteczki jest zapisywana przeważnie w formacie macierzy-Z (ang. z-matrix) z wykorzystaniem współrzędnych wewnętrznych lub w układzie kartezjańskim.
Drugim doskonałym kompendium wiedzy z chemii kwantowej która jest dostępna w internecie jest skrypt doktora Łukasz Rajchela z Pracowni Chemii Kwantowej Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego. -obecnie Faculty of Chemistry, University of Duisburg-Essen, Germany
Strona 7 z 23