Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.

2.1.4 Wznowienie obliczeń lub nowe obliczenia na bazie starych obliczeń

Program Gaussian podczas przeprowadzenia obliczeń zapisuje swoje wyniki w pliku z rozszerzeniem .log lub .out -dla użytkownika, oraz w pliku z rozszerzeniem .chk, z którego program korzysta. Czasami zdarza się, że obliczenia uległy przerwaniu lub chcemy przeprowadzić następny etap obliczeń. Wówczas możemy wznowić nasze obliczenia lub rozpocząć nowe, korzystając z pliku binarnego (.chk), pobierając na przykład geometrię cząsteczki. Nazwa pliku binarnego naszych obliczeń odpowiada nazwie ustawionej w pliku wsadowym w linijce zawierającej: %chk=nazwa.chk. Korzystając z tego pliku budujemy następny plik wsadowy, który zawiera następujące linie:

%chk=nazwa.chk
#P opt HF/6-311G guess=read geom=checkpoint

komentarz

0 1

2.1.7 Struktura pliku wynikowego Gaussiana (.log, .out)

Po skończonych obliczeniach uzyskujmy plik o takiej samej nazwie co plik wsadowy, lecz o innym rozszerzeniu .log bądź .out zależnie od ustawień programu zawierającego wyniki obliczeń. W pliku tym na samym początku jest zawarta informacja o programie, następnie informacja o zadaniu, geometria układu i wyniki obliczeń. W dalszej części książki zostaną przedstawione dokładniej fragmenty pliku zawierające poszczególne obliczenia. Jeśli obliczenia zakończyły się poprawnie na końcu pliku powinna znajdować się linia z frazą "Normal termination of Gaussian":

.287605,6.850369,-1.982971\H,0,2.118038,5.517093,-2.921918\\Version=x8

6-Linux-G03RevB.03\State=1-A\HF=-1029.9071401\RMSD=4.339e-06\Dipole=0.

9070995,0.4742314,-1.1045329\PG=C01 [X(C36H52N2O10P2)]\\@

Po skonstruowaniu cząsteczki i ustawieniu parametrów obliczeń w programie GaussView (rozdział 2.1.1.13 i 3.2.1) możemy obliczenia wysłać do wykonania programem Gaussian, jeśli jest zainstalowany na tej samej maszynie, poprzez użycie przycisku Submit. Z okna, które pojawia się po wybraniu z menu Calculate opcji Gaussian. Po zapisaniu pliku wsadowego program Gaussian jest uruchamiany i rozpoczyna obliczenia.
 

Oprócz umiejętności konstruowania cząsteczki oraz zapisu pliku wsadowego z wykorzystaniem któregoś programów graficznych przyda się nam minimalna wiedza o budowie i strukturze tego pliku.

Budowę poszczególnych części pliku wsadowego do paragramu Gaussian (inputu) przedstawimy na przykładzie cząsteczki aldehydu octowego. Czytelnika prosimy o stworzenie własnego pliku w programie GaussView i porównanie go z opisanym.

Aldehyd

Rysunek cząsteczki aldehydu octowego z ponumerowanymi atomami,
szary - atom wodoru, grafitowy - atom węgla, czerwony - atom tlen.

To "klasyka" kwantowej chemii obliczeniowej, efekt pracy kilku pokoleń teoretyków, pierwotnie skupiających się wokół Johna Popla, który w 1998 roku otrzymał wspólnie z Walterem Kohnem nagrodę Nobla za wkład w metody obliczeniowe w chemii.

Programem tym można obliczyć wiele właściwości molekuł i reakcji,  włączając w to: