Gaussian - Zagadnienia, opisy, instrukcje oraz praktyczne wykorzystanie programu Gaussian - www.gaussian.com. Materiały mają na celu edukacje i są dostępne bezpłatnie. Osoby zainteresowane kupnem oprogramowania Gaussian, Gaussview proszone są o kontakt z przedstawicielem (http://www.gaussian.com/g_orders/sa.htm#poland)

2.1.4 Wznowienie obliczeń lub nowe obliczenia na bazie starych obliczeń

Program Gaussian podczas przeprowadzenia obliczeń zapisuje swoje wyniki w pliku z rozszerzeniem .log lub .out -dla użytkownika, oraz w pliku z rozszerzeniem .chk, z którego program korzysta. Czasami zdarza się, że obliczenia uległy przerwaniu lub chcemy przeprowadzić następny etap obliczeń. Wówczas możemy wznowić nasze obliczenia lub rozpocząć nowe, korzystając z pliku binarnego (.chk), pobierając na przykład geometrię cząsteczki. Nazwa pliku binarnego naszych obliczeń odpowiada nazwie ustawionej w pliku wsadowym w linijce zawierającej: %chk=nazwa.chk. Korzystając z tego pliku budujemy następny plik wsadowy, który zawiera następujące linie:

%chk=nazwa.chk
#P opt HF/6-311G guess=read geom=checkpoint

komentarz

0 1

Czytaj więcej: Gaussian - wznowienie lub kontynuacja obliczeń

2.1.7 Struktura pliku wynikowego Gaussiana (.log, .out)

Po skończonych obliczeniach uzyskujmy plik o takiej samej nazwie co plik wsadowy, lecz o innym rozszerzeniu .log bądź .out zależnie od ustawień programu zawierającego wyniki obliczeń. W pliku tym na samym początku jest zawarta informacja o programie, następnie informacja o zadaniu, geometria układu i wyniki obliczeń. W dalszej części książki zostaną przedstawione dokładniej fragmenty pliku zawierające poszczególne obliczenia. Jeśli obliczenia zakończyły się poprawnie na końcu pliku powinna znajdować się linia z frazą "Normal termination of Gaussian":

.287605,6.850369,-1.982971\H,0,2.118038,5.517093,-2.921918\\Version=x8

6-Linux-G03RevB.03\State=1-A\HF=-1029.9071401\RMSD=4.339e-06\Dipole=0.

9070995,0.4742314,-1.1045329\PG=C01 [X(C36H52N2O10P2)]\\@

Czytaj więcej: Gaussian - struktura pliku wynikowego

Po skonstruowaniu cząsteczki i ustawieniu parametrów obliczeń w programie GaussView (rozdział 2.1.1.13 i 3.2.1) możemy obliczenia wysłać do wykonania programem Gaussian, jeśli jest zainstalowany na tej samej maszynie, poprzez użycie przycisku Submit. Z okna, które pojawia się po wybraniu z menu Calculate opcji Gaussian. Po zapisaniu pliku wsadowego program Gaussian jest uruchamiany i rozpoczyna obliczenia.
 
Screen_Gaussian

Oprócz umiejętności konstruowania cząsteczki oraz zapisu pliku wsadowego z wykorzystaniem któregoś programów graficznych przyda się nam minimalna wiedza o budowie i strukturze tego pliku.

Budowę poszczególnych części pliku wsadowego do paragramu Gaussian (inputu) przedstawimy na przykładzie cząsteczki aldehydu octowego. Czytelnika prosimy o stworzenie własnego pliku w programie GaussView i porównanie go z opisanym.

Aldehyd

Rysunek cząsteczki aldehydu octowego z ponumerowanymi atomami,
szary - atom wodoru, grafitowy - atom węgla, czerwony - atom tlen.
Czytaj więcej: Gaussian - struktura pliku wsadowego do Gaussiana (.gjf, .inp, .com)

To "klasyka" kwantowej chemii obliczeniowej, efekt pracy kilku pokoleń teoretyków, pierwotnie skupiających się wokół Johna Popla, który w 1998 roku otrzymał wspólnie z Walterem Kohnem nagrodę Nobla za wkład w metody obliczeniowe w chemii.

Programem tym można obliczyć wiele właściwości molekuł i reakcji,  włączając w to: