Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.
Obliczenia powierzchni energii potencjalnej (PES) możemy przygotować korzystając z programu graficznego Gaussview.
W tym celu po skonstruowaniu cząsteczki definiujemy zmieniający się parametr wybierając z menu Edit opcję Redundant Coord editor, lub ikonę z menu. Po wybraniu tej opcji pojawia się nowe okno, z którego klikamy lewą górna ikonę .
Opis praktyczny zagadnienia "Energia - Geometria - Optymalizacja" - Przygotowanie obliczeń w programie Gaussian
Posługując się programem GaussView, w pierwszym etapie konstruujemy cząsteczkę. Następnie wybieramy z menu Calculate opcję Gaussian Ctrl+G. W oknie, które się pojawi:
2.1.6 Przenoszenie obliczeń między różnymi systemami
Podczas wykonywania obliczeń czasami konieczne jest przeniesienie obliczenia na inną maszynę, system. Wówczas musimy przenieść plik binarny- checkpoint (.chk), który zależy od zainstalowanej wersjiGaussiana.1 Robimy to poprzez wygenerowania checkpointu w postaci tekstowej - ASCII.2 Uzyskany formatowany checkpoint posiada rozszerzenie .fchk - (Gaussian Formatted Checkpoint Files) i może być wykorzystywany, oprócz przenoszenia obliczeń przez niektóre programy na przykład do wizualizacji wyników. Formatowany checkpoint otrzymujemy poprzez polecenie formchk:
formchk nazwa.chk nazwa.fchk
Dokonując obliczeń w kilku etapach (np.: optymalizując cząsteczkę a następnie obliczanie wartości parametrów NMR), możemy nasze obliczenia wykonać, przygotowując tylko jeden plik wsadowy: Plik nasz musi zawierać linie ze zwrotem --Link1-- po którym umieszczone są kolejne zadania do obliczeń, np.:
Strona 16 z 23