Polecamy oprogramowanie do modelowania molekularnego:
Nasz kanał na YouTube na którym umieszczamy instrukcje do wykonywania, zapraszamy do przesyłania własnych filmów!!! 
Hyperchem - Zagadnienia, opisy, instrukcje oraz praktyczne wykorzystanie Hyperchema - www.hyper.com. Materiały mają na celu edukacje i są dostępne bezpłatnie. Osoby zainteresowane kupnem oprogramowania proszone są o kontakt z firmą Makolab (https://makolab.com/en/solutions/scientific-software/chemical-software) - prosimy o powołanie się na nas ;)
2.2.1 Przygotowanie obliczeń
Podstawowym oknem programu jest:1
W programie HyperChem zmianę sposobu wyświetlania cząsteczki dokonujemy przez wybranie z menu Display opcji Rendering. Następnie w nowym oknie w zakładce Rendering Method wybrać sposobu wyświetlania cząsteczki:1
Sticks Ball Overlapping Dots Sticks & Dots and Cylinders Spheres
Program HyperChem umożliwia oprócz skonstruowania cząsteczki, przeprowadzenie obliczeń. W tym celu wybieramy z menu Setup metodę, następnie ustawiamy w oknie, które się pojawi parametry między innymi bazę oraz ładunek.
Po zatwierdzeniu przechodzimy do menu Compute i wybieramy odpowiedni rodzaj obliczeń na przykład:
Single Point - program liczy energię dla zadanej struktury.
Geometry Optimization - program przeprowadza optymalizację układu. (patrz rozdział 3.2)
Vibrations - program oblicza częstości, oraz inne parametry. Po skoczeniu tych obliczeń można przejść do następnych obliczeń, które wcześniej nie były aktywne
Program HyperChem umożliwia częściowe zapisywanie wyników podczas obliczeń poszczególnych etapów. Dokonujemy to poprzez włączenie w menu File opcji Start Log, a następnie podanie nazwy pliku, do którego będą zapisywane informacje. Standardowo program nie tworzy plików z wynikami obliczeń, dlatego po zakończeniu obliczeń trzeba zapisać strukturę i wyniki, wybierając z menu File opcje Save.
Opis praktyczny zagadnienia "Energia - Geometria - Optymalizacja" - Przygotowanie obliczeń w programie HyperChem.
Po skonstruowaniu cząsteczki, wybieramy z menu Setup metodę, w której będziemy dokonywać obliczeń z Molecular Mechanics, Semi-empirical, Ab Initio, Density Functional. W nowym oknie, które się pojawi, i tak kolejno:
Mamy zaszczyt przedstawić fragment kursu autorstwa dr Piotra Wojciechowskiego z Politechniki Wrocławskiej. Fragment kursu opisuje pierwsze kroki w programie chemicznych HyperchemR. Oryginalna strona kursu znajduje się http://eportal-ch.pwr.wroc.pl Jeszcze raz dziękujemy autorowi za udostępnienie materiałów.
