molnet.eu - modelowanie molekularne
Przełącz nawigację
  • Aktualności
  • Ćwiczenia
  • Modelowanie
    • SCIGRESS
    • Zagadnienia
    • Hyperchem
    • Gaussian
    • Programy chemiczne
    • O związkach inaczej
    • Ciekawe strony/materiały
  • Galeria
  • Praktyczna Szkoła modelowania - 2009-2016
    • Szkoła modelowania IV - 2016
    • Szkoła modelowania III - 2013
    • Szkoła modelowania II - 2012
    • Szkoła modelowania I - 2009
  • Oferta
  • Kontakt

Polecamy: SCIGRESS

Polecamy oprogramowanie do modelowania molekularnego:

 

SCIGRESS

 

 

Współpraca:

WCSS

ICM

PCSS

CYFRONET

Białystok

MCSRTASK

UMCS

Czasopismo:

YouTube

Nasz kanał na YouTube na którym umieszczamy instrukcje do wykonywania, zapraszamy do przesyłania własnych filmów!!! Filmy you Tube

Aktualności

Konkurs na temat Koronowirusa

Po długiej przerwie, wracamy do serwisu tym razem z konkursem dla wszystkich miłośników modelowania oraz analizy danych.

Na stronach czasopisma Otwarta Innowacja pojawił się artykuł dotyczący analizy sekwencji danych koronowirusa, naszego autorstwa. Związku z tym, że dawno nie korzystaliśmy z narzędzi bioinformatyczncyh, wiemy, że analiza nie jest perfekcyjna. Proponujemy nagrodę niespodziankę dla osoby, zespołu która lepiej dokona interpretacji danych. Dla prowadzących zajęcia jest to doskonały temat praktyczny dla swoich studentów. Dla osób przed pracą licencjacka lub magisterką może ciekawy temat.

Prace należy przesyłać na adres Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. i potwierdzić telefonicznie zgłoszenie 881 625 862.

KONKURS

UV-VIS

zainteresowany testem, kupieniem pisz Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. lub od razu dzwoń 881 625 862

SZKOŁA MODELOWANIA

Szanowni Państwo Informujemy, że przed nami 2016

Praktyczna Szkoła Modelowania  

organizowana z FQS POLAND !!!

 

Szkolenie ustawiczne  - lipiec-sierpień 2016

 

liczba miejsc ograniczona - zapisy oraz szczegóły na e-mail: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

 

Dla kogo:

1. Chcesz nauczyć się modelować !

2. Masz pewien praktyczny problem który byś chciał rozwiązać teoretycznie (szkła praktyczna w założeniu uczy rozwiązywać twój problem)

3. Jesteś studentem, doktorantem, pracownikiem naukowym lub pracownikiem firmy

4. Chcesz wiedzieć jak nowocześnie i innowacyjnie rozwiązywać problemy - łącznie z drukiem 3D cząsteczek

5. Chesz....

każdemu gwarantujemy: dobre szkolenie, dostęp na czas szkolenia do profesjonalnego oprogramowania, dostęp do bazy wiedzy i specjalistów oraz dla osób które będą modelowali swoje przykłady - publikacje w czasopiśmie

Naprawdę Warto!!!

Polecam!!!

Dr Marek Doskocz - Molenet.eu

 

 

Oddziaływania, Błąd Superpozycji Bazy BSSE

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Oddziaływania, błąd superpozycji bazy

mgr inż. Agnieszka Doskocz

portal molnet.eu

Czytaj więcej: Oddziaływania, Błąd Superpozycji Bazy BSSE

Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego

dr inż. Joanna Kisała

Czytaj więcej: Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego

Abc - Spektroskopii Ramana

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II  , Abc... Spektroskopii Ramana

Diana Dołęga

Wesja na pełny ekran

Czytaj więcej: Abc - Spektroskopii Ramana

Nanotechnologia obliczeniowa

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Nanotechnologia obliczeniowa

Michał Hermanowicz

Czytaj więcej: Nanotechnologia obliczeniowa

Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2

Prezentacja:

Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2. Przykłady widm do analizy oraz symulacji

dr Alina T. Dubis

Zakład Chemii Organicznej Instytut Chemii Uniwersytetu w Białymstoku, Al. J. Piłsudskiego 11/4, 15-443 Białystok

molnet.eu

Czytaj więcej: Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2

Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 1

Prezentacja:

Spektroskopia w podczerwieni IR, cz. 1,
ABC IR oraz sztuka analizy widm

Agnieszka i Marek Doskocz

portal molnet.eu

Tekst lektora

molnet.eu

Czytaj więcej: Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 1

Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych

Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych

Sporządzenie pełnego profilu energetycznego reakcji chemicznej, wraz z kluczowymi produktami pośrednimi oraz stanami przejściowymi, jest dla badaczy nie lada wyzwaniem. Obecnie żaden algorytm zaimplementowany w dostępnym  oprogramowaniu do modelowania molekularnego, nie daje użytkownikowi wprost ścieżki modelowanej reakcji począwszy od substratów poprzez produkty pośrednie a skończywszy na produkcie końcowym. W procedurach modelowania mechanizmów reakcji konieczna jest wiedza chemiczna pozwalająca na racjolane  zaprojektowanie wszystkich etapów  potencjalnej ścieżki reakcji. Niezwykle pomocnym narzędziem w tych obliczeniach może okazać się program Gaussian, który dostarcza  użytkownikowi wiele metod (QS, QST2, QST3, TS), służących do obliczania między innymi: stanów  przejściowych   na podstawie struktur, które są zbliżone do: samego stanu przejściowego, substratów, produktów czy też produktów pośrednich.  Pomimo tego, że modleowanie mechanizmów reakcji nie jest łatwe, to nie należy się zrażać, trzeba bowiem pamiętać, że cierpliwa praca daje w końcu upragnione rezultaty. Poniżej chcieliśmy zaproponować kilka etapów, które naszym zadniem są niezbędne podczas modelowania mechanizmów reakcji chemicznych.

Czytaj więcej: Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych

NBO -2009

Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody

Czytaj więcej: NBO -2009

Zapis cząsteczki w postaci Z-macierzy i w układzie kartezjańskim

 

Struktura cząsteczki jest zapisywana przeważnie w formacie macierzy-Z (ang. z-matrix) z wykorzystaniem współrzędnych wewnętrznych lub w układzie kartezjańskim.

Czytaj więcej: Zapis cząsteczki w postaci Z-macierzy i w układzie kartezjańskim

Skrypt do Chemii Kwantowej - Dr Łukasz Rajchel

skrypt

Drugim doskonałym kompendium wiedzy z chemii kwantowej która jest dostępna w internecie jest skrypt doktora Łukasz Rajchela z Pracowni Chemii Kwantowej Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego.  -obecnie Faculty of Chemistry, University of Duisburg-Essen, Germany

Czytaj więcej: Skrypt do Chemii Kwantowej - Dr Łukasz Rajchel

Energia - Geometria - Optymalizacja

optymalizacjaMając najprostszą cząsteczkę dwuatomową wiemy, że istnieje pewna optymalna odległość między atomami gdzie energia układu jest najmniejsza. Odległość tą nazywamy długością wiązania. Możemy ją obliczyć poprzez obliczanie energii dla kolejnych odległości między atomami. W ten sposób możemy sporządzić wykres zależności energii od odległości między atomami. W takim przypadku uzyskaną krzywą nazywamy krzywą energii potencjalnej. Minimum energii odpowiada geometrii, w której cząsteczka występuje w stanie stacjonarnym, to znaczy w badanym medium ilość cząsteczek o danej geometrii jest największa.

 

Czytaj więcej: Energia - Geometria - Optymalizacja

Przeliczanie energii

energia Jednym z podstawowych umiejętności podczas interpretacji obliczeń teoretycznych jest przeliczanie wartości energii na różne jednostki. Obliczenia wykonywane na przykład programem Gaussian zwracają wartość energii w Hartree.

Czytaj więcej: Przeliczanie energii
  1. Różne formaty zapisów struktury
  2. Wstęp do modelowania
  3. Elektryczny moment dipolowy
  4. Potencjał korelacyjno-wymienny B3LYP
  5. Hyperchem - jeszcze raz od podstaw
  6. Struktura związków w przestrzeni X,Y,Z
  7. Testowanie różnych metod i baz do obliczeń geometrii
  8. Analiza konformacyjna 1,3-difluoropropanu
  9. Badanie struktury przestrzennej hemoglobiny1 - posługiwanie się bazą PDB
  10. Ustalanie bezwzględnej konfiguracji R, S na podstawie wzorów przestrzennych

Strona 1 z 4

  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • Jesteś tutaj:  
  • Start

Logowanie

  • Nie pamiętasz nazwy?
  • Nie pamiętasz hasła?

Logowanie

Słowa kluczowe

  • Praktyczna Szkoła Modelowania I
  • Praktyczna Szkoła Modelowania II
  • Zagadnienia
  • Energia
  • Programy chemiczne

Reklama banner


Ta strona używa plików Cookies. Dowiedz się więcej o celu ich używania i możliwości zmiany ustawień Cookies w przeglądarce. Czytaj więcej...

Do góry

© 2023 molnet.eu - modelowanie molekularne