Aktualności
Konkurs na temat Koronowirusa
Po długiej przerwie, wracamy do serwisu tym razem z konkursem dla wszystkich miłośników modelowania oraz analizy danych.
Na stronach czasopisma Otwarta Innowacja pojawił się artykuł dotyczący analizy sekwencji danych koronowirusa, naszego autorstwa. Związku z tym, że dawno nie korzystaliśmy z narzędzi bioinformatyczncyh, wiemy, że analiza nie jest perfekcyjna. Proponujemy nagrodę niespodziankę dla osoby, zespołu która lepiej dokona interpretacji danych. Dla prowadzących zajęcia jest to doskonały temat praktyczny dla swoich studentów. Dla osób przed pracą licencjacka lub magisterką może ciekawy temat.
Prace należy przesyłać na adres Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. i potwierdzić telefonicznie zgłoszenie 881 625 862.
KONKURS
UV-VIS
zainteresowany testem, kupieniem pisz Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. lub od razu dzwoń 881 625 862
SZKOŁA MODELOWANIA
Szanowni Państwo Informujemy, że przed nami 2016
Praktyczna Szkoła Modelowania
organizowana z FQS POLAND !!!
Szkolenie ustawiczne - lipiec-sierpień 2016
liczba miejsc ograniczona - zapisy oraz szczegóły na e-mail: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Dla kogo:
1. Chcesz nauczyć się modelować !
2. Masz pewien praktyczny problem który byś chciał rozwiązać teoretycznie (szkła praktyczna w założeniu uczy rozwiązywać twój problem)
3. Jesteś studentem, doktorantem, pracownikiem naukowym lub pracownikiem firmy
4. Chcesz wiedzieć jak nowocześnie i innowacyjnie rozwiązywać problemy - łącznie z drukiem 3D cząsteczek
5. Chesz....
każdemu gwarantujemy: dobre szkolenie, dostęp na czas szkolenia do profesjonalnego oprogramowania, dostęp do bazy wiedzy i specjalistów oraz dla osób które będą modelowali swoje przykłady - publikacje w czasopiśmie
Naprawdę Warto!!!
Polecam!!!
Dr Marek Doskocz - Molenet.eu
Oddziaływania, Błąd Superpozycji Bazy BSSE
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Oddziaływania, błąd superpozycji bazy
mgr inż. Agnieszka Doskocz
portal molnet.eu
Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego
dr inż. Joanna Kisała
Abc - Spektroskopii Ramana
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II , Abc... Spektroskopii Ramana
Diana Dołęga
Nanotechnologia obliczeniowa
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Nanotechnologia obliczeniowa
Michał Hermanowicz
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2
Prezentacja:
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2. Przykłady widm do analizy oraz symulacji
dr Alina T. Dubis
Zakład Chemii Organicznej Instytut Chemii Uniwersytetu w Białymstoku, Al. J. Piłsudskiego 11/4, 15-443 Białystok
molnet.eu
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 1
Prezentacja:
Spektroskopia w podczerwieni IR, cz. 1,
ABC IR oraz sztuka analizy widm
Agnieszka i Marek Doskocz
portal molnet.eu
molnet.eu
Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych
Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych
Sporządzenie pełnego profilu energetycznego reakcji chemicznej, wraz z kluczowymi produktami pośrednimi oraz stanami przejściowymi, jest dla badaczy nie lada wyzwaniem. Obecnie żaden algorytm zaimplementowany w dostępnym oprogramowaniu do modelowania molekularnego, nie daje użytkownikowi wprost ścieżki modelowanej reakcji począwszy od substratów poprzez produkty pośrednie a skończywszy na produkcie końcowym. W procedurach modelowania mechanizmów reakcji konieczna jest wiedza chemiczna pozwalająca na racjolane zaprojektowanie wszystkich etapów potencjalnej ścieżki reakcji. Niezwykle pomocnym narzędziem w tych obliczeniach może okazać się program Gaussian, który dostarcza użytkownikowi wiele metod (QS, QST2, QST3, TS), służących do obliczania między innymi: stanów przejściowych na podstawie struktur, które są zbliżone do: samego stanu przejściowego, substratów, produktów czy też produktów pośrednich. Pomimo tego, że modleowanie mechanizmów reakcji nie jest łatwe, to nie należy się zrażać, trzeba bowiem pamiętać, że cierpliwa praca daje w końcu upragnione rezultaty. Poniżej chcieliśmy zaproponować kilka etapów, które naszym zadniem są niezbędne podczas modelowania mechanizmów reakcji chemicznych.
NBO -2009
Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody
Zapis cząsteczki w postaci Z-macierzy i w układzie kartezjańskim
Struktura cząsteczki jest zapisywana przeważnie w formacie macierzy-Z (ang. z-matrix) z wykorzystaniem współrzędnych wewnętrznych lub w układzie kartezjańskim.
Skrypt do Chemii Kwantowej - Dr Łukasz Rajchel
Drugim doskonałym kompendium wiedzy z chemii kwantowej która jest dostępna w internecie jest skrypt doktora Łukasz Rajchela z Pracowni Chemii Kwantowej Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego. -obecnie Faculty of Chemistry, University of Duisburg-Essen, Germany
Energia - Geometria - Optymalizacja
Mając najprostszą cząsteczkę dwuatomową wiemy, że istnieje pewna optymalna odległość między atomami gdzie energia układu jest najmniejsza. Odległość tą nazywamy długością wiązania. Możemy ją obliczyć poprzez obliczanie energii dla kolejnych odległości między atomami. W ten sposób możemy sporządzić wykres zależności energii od odległości między atomami. W takim przypadku uzyskaną krzywą nazywamy krzywą energii potencjalnej. Minimum energii odpowiada geometrii, w której cząsteczka występuje w stanie stacjonarnym, to znaczy w badanym medium ilość cząsteczek o danej geometrii jest największa.
Przeliczanie energii
Jednym z podstawowych umiejętności podczas interpretacji obliczeń teoretycznych jest przeliczanie wartości energii na różne jednostki. Obliczenia wykonywane na przykład programem Gaussian zwracają wartość energii w Hartree.
Strona 1 z 4