2.2.6 Zmiana sposobu wyświetlania cząsteczek
W programie HyperChem zmianę sposobu wyświetlania cząsteczki dokonujemy przez wybranie z menu Display opcji Rendering. Następnie w nowym oknie w zakładce Rendering Method wybrać sposobu wyświetlania cząsteczki:1
Sticks Ball Overlapping Dots Sticks & Dots and Cylinders Spheres
W pozostałych zakładkach tego okna możemy ustawić wielkości oraz inne parametry wyświetlanego obrazu np.: wyświetlanie ułożenia dwóch związków jako obrazu stereograficznego.
HyperChem posiada również sprzężony program do renderowania grafiki, jakim jest POV-Ray, który pozwala tworzyć grafikę 3D. Po ustawieniu naszej cząsteczki z menu Display wybieramy opcję Raytrace, w wyniku czego uruchamiamy program POV-Ray i otrzymujemy wyrederowaną grafikę 3D:
Dodatkowe opcję w zakładce Display umożliwiają ustawienie wyświetlania (Show) wodorów (Hydrogens) wiązań wielokrotnych2 (Multiple Bonds) oraz układu aromatycznego (Aromatic Rings as Circles) wiązań wodorowych (Hydrogen Bonds) układu współrzędnych (Inetrial Axes). W zakładkach Color i Element Color możemy ustawić kolory dla poszczególnych elementów. W opcji Labels możemy ustawić wyświetlanie między innymi: symbolu, ładunku, masy, pierwiastka, a także ustawić określenie oraz wyświetlanie konfiguracji absolutnej R, S wybierając Chirality.
1 - Cząsteczka L-dopa, która jest skutecznym lekiem w leczeniu Parkinsona, który objawia się między innymi spadkiem produkcji dopaminy (neuroprzekaźnika) przez neurony. Neurony produkujące ten neuroprzekaźnik przetwarzają aminokwas tyrozynę w L-dopę, a następnie L-dopę w dopaminę. Ze względu na barierę krew ? mózg, przez którą nie przechodzi dopomina, nie jest ona stosowana w leczeniu. Zamiast niej stosowana jest L-dopa, która tą barierę przechodzi.
2 - Wiązania wielokrotne widoczne są jedynie, kiedy grubość linii jest ustawiona na najmniejszą wartość.