Hyperchem - Zagadnienia, opisy, instrukcje oraz praktyczne wykorzystanie Hyperchema - www.hyper.com. Materiały mają na celu edukacje i są dostępne bezpłatnie. Osoby zainteresowane kupnem oprogramowania proszone są o kontakt z firmą Makolab (https://makolab.com/en/solutions/scientific-software/chemical-software) - prosimy o powołanie się na nas ;)

2.2.6 Zmiana sposobu wyświetlania cząsteczek

W programie HyperChem zmianę sposobu wyświetlania cząsteczki dokonujemy przez wybranie z menu Display opcji Rendering. Następnie w nowym oknie w zakładce Rendering Method wybrać sposobu wyświetlania cząsteczki:1

 

 Hyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screenHyperchem_screen

 

Sticks Ball Overlapping Dots Sticks & Dots and Cylinders Spheres

 

2.2.7 Przyprowadzanie obliczeń do uruchomienia

Program HyperChem umożliwia oprócz skonstruowania cząsteczki, przeprowadzenie obliczeń. W tym celu wybieramy z menu Setup metodę, następnie ustawiamy w oknie, które się pojawi parametry między innymi bazę oraz ładunek. 

Hyperchem_screen

Po zatwierdzeniu przechodzimy do menu Compute i wybieramy odpowiedni rodzaj obliczeń na przykład:

Single Point - program liczy energię dla zadanej struktury.

Geometry Optimization - program przeprowadza optymalizację układu. (patrz rozdział 3.2)

Vibrations  - program oblicza częstości, oraz inne parametry. Po skoczeniu tych obliczeń można przejść do następnych obliczeń, które wcześniej nie były aktywne

Hyperchem_screen


2.2.8 Zapisywanie poszczególnych etapów obliczeń

Program HyperChem umożliwia częściowe zapisywanie wyników podczas obliczeń poszczególnych etapów. Dokonujemy to poprzez włączenie w menu File opcji Start Log, a następnie podanie nazwy pliku, do którego będą zapisywane informacje. Standardowo program nie tworzy plików z wynikami obliczeń, dlatego po zakończeniu obliczeń trzeba zapisać strukturę i wyniki, wybierając z menu File opcje Save.

Opis praktyczny zagadnienia "Energia - Geometria - Optymalizacja" - Przygotowanie obliczeń w programie HyperChem.

 

     Po skonstruowaniu cząsteczki, wybieramy z menu Setup metodę, w której będziemy dokonywać obliczeń z Molecular Mechanics, Semi-empirical, Ab Initio, Density Functional. W nowym oknie, które się pojawi, i tak kolejno:

 HyperChem_screen HyperChem_screen

Mamy zaszczyt przedstawić fragment kursu autorstwa dr Piotra Wojciechowskiego z Politechniki Wrocławskiej. Fragment kursu opisuje pierwsze kroki w programie chemicznych HyperchemR.  Oryginalna strona kursu znajduje się http://eportal-ch.pwr.wroc.pl Jeszcze raz dziękujemy autorowi za udostępnienie materiałów.