Molekularny elektrostatyczny potencjał -MEP

Ćwiczenie

Molekularny elektrostatyczny potencjał -MEP

1. Porównaj mapy potencjałów elektrostatycznych dla anionów F^-, Cl^- , Br^-, J^-. Dlaczego mapy potencjałów różnią się, jeżeli całkowity ładunek jest taki sam dla wszystkich atomów. Obliczenia przeprowadź w metodzie B3LYP z użyciem bazy funkcyjnej 6-31G(d).
2. Sporządź mapy potencjałów dla cząsteczek OH^-, H₃O⁺, H₃C-CH⁺-CH₃, NH₂^-, NO₂⁺, HSO₃⁺. Określ, do jakiej grupy czynników należą dane cząsteczki. Potwierdź to dodatkowo przykładami mechanizmów reakcji, w których uczestniczą wymienione cząsteczki. Obliczenia ? optymalizacja struktur oraz obliczenia MEP przeprowadź w metodzie B3LYP z użyciem bazy funkcyjnej 6-31G(d).
3. Wykonaj mapy potencjału elektrostatycznego aminokwasów: arginina, lizyna, cysteina, metionina, walina, fenyloalanina, kwas glutaminowy, prolina, bazując na strukturach optymalizowanych metodą B3LYP w bazie funkcyjnej 6-31G(d). Czy na podstawie MEP można określić rodzaj aminokwasu aminokwasów (zasadowy, kwaśny).
4. Wykonaj mapy potencjału elektrostatycznego dla uracylu, tyminy, adeniny, guaniny, cytozyny. Czy na podstawie tych obliczeń można określić komplementarność zasad? Obliczenia przeprowadź w standardowej metodzie B3LYP z użyciem bazy funkcyjnej 6-31G(d).