• Praktyczna szkoła Modelowania I

Projekt - Praktyczna Szkoła Modelowania Molekularnego

Hybrydyzacja w prostych związkach węglowych

Prowadzący: Piotr Wojciechowski, pomysł M. Doskocz
Poziom trudności: podstawowy

Celem projektu jest obliczenie konturów orbitali dla prostych związków węglowych: metanu, etanu, etenu, acetylenu, benzenu. Przeprowadzenie analizy NBO. Wykonanie ilustracji.

Schemat:

1. studia literaturowe na dany temat.

2. obliczenia teoretyczne (optymalizacja, Freq, NBO) prostych cząsteczek

3. interpretacja oraz wizualizacja danych

Spodziewane rezultaty: dydaktyczny, publikacja rysunków w Wikipedii, jeżeli wyniki uzyskane będą zadowalające, oraz uczestnik wyrazi chęć dalszej pracy, przygotowanie artykułu dydaktycznego na przykład do czasopisma Chemia w Szkole.

• Praktyczna szkoła Modelowania I
• Początki życia

Projekt Badawczy Na Praktyczną Szkołę Modelowania Molekularnego I - przykład

Czytaj więcej: Początki życia

• Praktyczna szkoła Modelowania I

Pierwszym etapem jest skopiowanie plików na maszynę dostępową Delta (gw.icm.edu.pl). Założymy, że wkopiowaliśmy katalog razem z plikami do obliczeń i nazwaliśmy go MOLL.

Następnie musimy przekopiować ten katalog na maszynę Halo, na której docelowo będziemy wykonywać obliczenia. Wykonujemy zatem polecenie:

scp -vr MOLL halo:~

(Wytłumaczenie: scp – kopiuje, vr – opcje, wyświetla informację o kopiowaniu oraz kopiuje wszystkie pliki zawarte w katalogu wraz z katalogiem)

Po wykonaniu tego polecenia musimy podać hasło, takie samo jak przy logowaniu na maszynę dostępową Dleta (gw.icm.edu.pl). Następnie logujemy się na maszynę Halo, poleceniem:

ssh halo

Po podaniu hasła, możemy sprawdzić zawartość naszego katalogu domowego poleceniem:

ls

Następnie katalogu MOLL:

ls MOLL

Teraz przystępujemy do przygotowania skryptu, który później wstawimy w kolejkę. Na samym początku kopiujemy przykładowy plik do naszego katalogu z obliczeniami, wraz ze zmianą nazwy:

cp /opt/examples/pbs/gaussian/g03 ~/MOLL/skrypt1

Skrypt ten ma zawartość:

^{#!/bin/tcsh -f
#0 G03 na halo jest smp wiec moze liczyc sie tylko na jednym nodzie:
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#1 WPISZ czas ZEGAROWY potrzebny na wykonanie zadania: format: HH:MM:SS
#PBS -l walltime=24:00:00
#2 WPISZ ile miejsca potrzebuje twoje zadanie na dysku lokalnym /tmp1 (wazne dla MPn, CI itp) - nie wiecej niz 75GB - warto tez uzyc dyrektywy Maxdisk w inpucie Gaussiana
#PBS -l file=32gb}

^{#ustawienia srodowiska gaussian'a: lepiej nie zmieniac!}

^{setenv g03root /opt/gaussian
source /opt/gaussian/g03/bsd/g03.login
setenv GAUSS_SCRDIR /tmp1}

^{#sprawdz wezel na ktorym sie liczy i jego zasoby lokalne}

^{uname -a
df -k /tmp1}

^{# WPISZ katalog gdzie sa inputy i gdzie beda outputy (output z gaussian)}

^{# or checkponit. Powinien to byc podkatalog w /home}

^{cd ~/...
date}

^{# WPISZ zamiast test.inp i test.out nazwe swojego inputu i outputu
# Tu uruchamia sie gaussian
g03 < test.inp > test.out
date}

^{# zakomentuj ponizsze 4 linie, jesli chcesz zachowac pliki tymczasowe}

^{if ( `/bin/ps -ef|grep $USER|egrep "g98|g03" |grep -v "grep"|wc -l` == 0 ) then
/bin/rm -f /tmp1/Gau-*
/bin/rm -f /tmp1/*.rwf
endif}

^{# info o zadaniu z PBSa}

^{qstat -f $PBS_JOBID}

To, co musimy zmienić, to miejsca zaznaczone kolorem czerwonym, w dalszej kolejności jak rozkręcimy się w liczeniu będziemy modyfikować bardziej skrypt. Zmieniamy:

cd ~/...

na:

cd ~/MOLL

oraz:

g03 < test.inp > test.out

na:

g03 < nazwaplikudoobliczen.inp > nazwaplikuzwynikami.out

Możemy to wykonać w edytorze vi, dla osób mało obeznanych z linuxem proponuję edytor mcedit. (edytor tekstowy programu Midnight Commander).  Wykonujemy polecenie:

mcedit ~/MOLL/skrypt1

Ukazuje nam się okno programu, w którym zmieniamy w sposób intuicyjny linie w pliku, a następnie zapisujemy plik wciskając F2:

Następnie wstawiamy zadanie do kolejki poleceniem:

qsub ~/MOLL/skrypt1

W katalogu MOLL powinniśmy znaleźć pliki z obliczeniami. Dla sprawdzenia czy nasze obliczenia znajdują się w kolejce używamy polecenia qstat. W wyniku czego ukazuje się lista zadań zapisanych w kolejce (Q-zadanie czeka w kolejce, R-wykonuje się). Kasujemy zadanie z kolejki poleceniem qdel i numer zadania (np.: qdel 251887):

Dla każdego pliku, który chcemy obliczyć musimy przeprowadzić poniższą procedurę nadając za każdym razem inną nazwę dla pliku skrypt1, który będzie wykonywany. Możemy oczywiście uprościć nasze wstawianie do kolejki, korzystając z własnych napisanych skryptów.

Uprzejmie proszę o przetestowanie tej procedury i policzenie jakiegoś zadania metodą AM1.

Wszelkie problemy prosimy zgłaszać w komentarzach pod tekstem.

• Praktyczna szkoła Modelowania I
• ICM

 Logowanie spod systemu Windows

Pierwszym etapem zalogowania się do komputerów znajdujących się w ICM jest uruchomienie programu, który umożliwi komunikację pomiędzy komputerami. Jednym z takich programów jest Putty. Program ten możemy pobrać za darmo pod adresem www.putty.org lub bezpośrednio korzystając z linku do putty.exe Po uruchomieniu tego programu, pojawia się nam okno: 

W polu Host Name (or IP address) wpisujemy:

gw.icm.edu.pl

Rodzaj połączenia (Connection type) wybieramy SSH.

Jeżeli wykonujemy po raz pierwszy połączenie, wówczas wpisujemy dowolną nazwę, pod którą chcemy zapisać naszą sesje (Saved sessions), przykładowo może być to nazwa:

SZKOLA_MOLNET_ICM

Zapisujemy nasze ustawienie (wybieramy opcję Save). Następnym razem będziemy czytać zapisane ustawienia (opcja Load).

W nowym oknie, które otwarło się podajemy nasz login, a następnie hasło, które otrzymaliśmy ze szkoły (już  wkrótce otrzyma każdy, kto podjął się  projektu):

Po wpisaniu loginu oraz hasła zostaniemy proszeni o podanie nowego, dowolnie przez nas wybranego hasła.

Po zalogowaniu pojawia się okno, w którym możemy wpisywać dalsze komendy:

Komputer Delta, na który zalogowaliśmy się to tylko maszyna dostępowa, oznacza to, że poprzez nią będziemy komunikowali się z innymi maszynami ICM, na których będziemy dokonywać obliczeń.

Logowanie spod systemu Linux

Użytkownicy sytemu Linux, aby zalogować się na maszynę ICM, muszą wpisać polecenie:

ssh gw.icm.edu.pl

a następnie (podobnie jak spod systemu Windows), podajemy login, hasło oraz nasze nowe, dowolnie przez nas wybrane hasło.