Tutaj zebraliśmy wszystkie informacje dotyczące modelowania molekularnego, oprogramowania, zagadnień, sposobu rozwiązywania problemów - czyli wszystko to co może się przydać każdemu chemikowi, farmaceucie, biologowi czy pasjonatowi.

Ćwiczenie
Wiązania wodorowe a temperatura wrzenia

Temperatura wrzenia wody pod ciśnieniem 1013hPa wynosi 100°C, natomiast siarkowodoru -62.2. Na modelowym układzie ? dimer wody oraz dimer siarkowodoru oblicz energię dysocjacji dimerów, energie oddziaływania oraz błąd superpozycji bazy. Obliczenia przeprowadz metoda MP2/6-31G(d).

Ćwiczenie
Energia obrotu grupy metylowej

Rotacja protonów w grupie metylowej -CH3 w pochodnych benzenu wymaga niewielkiej ilości energii. Energia ta zmierzona eksperymentalnie dla m-florotoluenu wynosi 4.39, dla o-florotoluenu 65.26, p-florotoluenu 13.82 oraz toluenu 13.94 kcal/mol.[1]

Ćwiczenie
Geometria wiązań wodorowych

Wiązania wodorowe (ang. hydrogen bond) możemy podzielić ze względu na liczbę geometrię oraz ilość oddziaływań, w których dany proton uczestniczy jako liniowe najprostsze, oraz osiowe (ang. bifurcate) jako bardziej złożone.

Ćwiczenie
Komplementarność zasad purynowych

 

   Zasady azotowe: adenina (A), cytozyna (C), guanina (G), tymina (T) uracyl (U) w chodzącą w skład nukleozydów, które są połączeniem tych zasad z rybozą, deoksyrybozą lub rybitolem poprzez wiązanie N-glikozydowe. Estry nukleozydów z kwasem fosforowym (V) tworzą nukleotydy które są monomerami kwasów rybonukleinowych DNA i RNA. DNA jest nośnikiem informacji oraz występuje w chromosomach. Cząsteczka DNA przeważnie zbudowana jest z dwóch łańcuchów, które biegną antyrównolegle (tzn. koniec jednego łancucha jest na przeciw początku drugiego). Łańcuchy kwasu nukleinowego owijają się wokół wspólnej osi tworząc prawoskrętną podwójną helisę. Reszty fosforowe i cukrowe znajdują się na zewnątrz helisy i połączone ze sobą poprzez wiązanie fosfodiestrowe. Zasady skierowane są do wnętrza i tworzą pary zasad. Połączenie zasad jest poprzez wiązania wodorowe odpowiednio: A-T (A-U) G-C T-A (U-A) C-G.

.aceton Przedstawiamy przykład obliczeń widm IR, Ramana dla acetonu, tiomocznika, i kwasu malonowego, oraz porównanie wyników teoretycznych z badaniami eksperymentalnymi. Autorką badań jest pani mgr inż. Karolina Gluza z Politechniki Wrocławskiej...