Poniżej znajdują się wszystkie zagadnienia obejmujące problemy chemii obliczeniowej.
Każdy wie co to są leki homeopatyczne. W skrócie można powiedzieć, że jest to bardzo, bardzo, bardzo, bardzo i bardzo duże rozcieńczenie związków – które mają pomagać. Zwolnicy mówią o ich działaniu przewyższającym placebo.
Placebo (łac. będę się podobał) – substancja lub działanie (np. zabieg chirurgiczny) obojętne, niemające wpływu na stan zdrowia pacjenta, podawane choremu jako terapia. Chory nie wie, że to, co zastosowano, nie jest prawdziwym leczeniem, zaś wszystko (dla leku głównie: wygląd, zapach, smak, konsystencja), oprócz leczniczych właściwości placebo jest takie samo, jak rzeczywistej terapii. Często zastosowanie prawdziwego leku mogłoby być szkodliwe dla pacjenta, ale oszukanie go przez wmówienie, że przyjął lek, może poprawić jego sytuację psychiczną. Placebo stosuje się również w badaniach nad działaniem leków, zabiegów medycznych i niekonwencjonalnych, używając go w ślepych i podwójnie ślepych próbach.
Tak więc przeanalizujmy stężenia w roztworach. Dla naszego przykładu weżniemy 100gram czystej wody i będziemy ją rozcieńczali jakimś rozpuszczalnikiem. 100 gram to jest ok 1/3 szklanki wody.
Ilość cząsteczek wody zawartej możemy wyliczyć ze wzoru
Liczba cząsteczek = (masa substancji / Masę molową ) * Stała Avogadro
więc początkowo mamy: (zakładam gęstość wody jako 1g/cm3, masę molową 18g/mol)
Liczba cząsteczek = 100[g]/ 18[g/mol] * 6,022140857*1023 mol−1
oczywiście, aby lepiej to wyjaśnić poniżej zaprezentujemy bez używania potęg 10. Jest to zabieg po to aby lepiej poczuć skale wielkości. Tak więc liczba cząsteczek wody to:
3 345 633 809 444 440 000 000 000
słownie: trzy kwadryliony trzysta czterdzieści pięć tryliardów sześćset trzydzieści trzy tryliony osiemset dziewięć biliardów czterysta czterdzieści cztery biliony czterysta czterdzieści miliardów złotych.
A teraz popatrzymy na rozcieńczenia:
SKALA D | SKALA C | SKALA | Rozcieńczenie | Objętość pierwotna | ilość moli wody | Liczba cząsteczek wody po rozcieńczeniu | |
0 | 100 | 5,55555555555556000000 | 3 345 633 809 444 440 000 000 000,0 | nierozcieńczona | |||
1D | - | 1X | 1:10 | 10 | 0,55555555555555600000 | 334 563 380 944 444 000 000 000,0 | opisywane jako niska potencja |
2D | 1C | 2X | 1:100 | 1 | 0,05555555555555560000 | 33 456 338 094 444 400 000 000,0 | nazywane wyższą potencją przez homeopatów |
3D | 3X | 1:1000 | 0,1 | 0,00555555555555556000 | 3 345 633 809 444 440 000 000,0 | ||
4D | 2C | 4X | 1:10000 | 0,01 | 0,00055555555555555600 | 334 563 380 944 444 000 000,0 | |
5D | 5X | 0,001 | 0,00005555555555555560 | 33 456 338 094 444 400 000,0 | |||
6D | 3C | 6X | 0,0001 | 0,00000555555555555556 | 3 345 633 809 444 440 000,0 | ||
7D | 7X | 0,00001 | 0,00000055555555555556 | 334 563 380 944 444 000,0 | |||
8D | 4C | 8X | 0,000001 | 0,00000005555555555556 | 33 456 338 094 444 400,0 | dopuszczalne stężenie arszeniku w wodzie pitnej w USA | |
9D | 9X | 0,0000001 | 0,00000000555555555556 | 3 345 633 809 444 445,0 | |||
10D | 5C | 10X | 0,00000001 | 0,00000000055555555556 | 334 563 380 944 444,0 | ||
11D | 11X | 0,000000001 | 0,00000000005555555556 | 33 456 338 094 444,4 | |||
12D | 6C | 12X | 1E-10 | 0,00000000000555555556 | 3 345 633 809 444,5 | ||
13D | 13X | 1E-11 | 0,00000000000055555556 | 334 563 380 944,4 | |||
14D | 7C | 14X | 1E-12 | 0,00000000000005555556 | 33 456 338 094,4 | ||
15D | 15X | 1E-13 | 0,00000000000000555556 | 3 345 633 809,4 | |||
16D | 8C | 16X | 1E-14 | 0,00000000000000055556 | 334 563 380,9 | ||
17D | 17X | 1E-15 | 0,00000000000000005556 | 33 456 338,1 | |||
18D | 9C | 18X | 1E-16 | 0,00000000000000000556 | 3 345 633,8 | ||
19D | 19X | 1E-17 | 0,00000000000000000056 | 334 563,4 | |||
20D | 10C | 20X | 1E-18 | 0,00000000000000000006 | 33 456,3 | ||
21D | 21X | 1E-19 | 0,00000000000000000001 | 3 345,6 | |||
22D | 11C | 22X | 1E-20 | 0,00000000000000000000 | 334,6 | ||
23D | 23X | 1E-21 | 0,00000000000000000000 | 33,5 | |||
24D | 12C | 24X | trzy cząsteczki | 0,00000000000000000000 | 3,3 | ||
25D | 25X | tu już nie ma ;) | 1/3 cząsteczki wody | ||||
26D | 13C | 26X | |||||
27D | 27X | ||||||
Dalej nie ma sensu………… |
graficznie:
A teraz z analizujmy najsilniejsze trucizny świata i ich stężenia
Toksyna butylinowa (jad kiełbasiany) o wadze ok 50kDa (Masa molowa ok 50 000g/mol). Wartości LD50 zarejestrowane dla tych siedmiu protein to około 5 ng/kg (ng oznacza nanogram, czyli miliardową część grama). Toksyczne jest już =(5*0.000000001[g])/50 000[g/mol] * 6,022140857*1023 mol−1 = czyli 62300000000 cząsteczek, (sześćdziesiąt dwa miliardy trzysta milionów cząsteczek)
Polon-210 Dawka trująca to bilinowa część grama. Czyli ilość atomów można obliczyć z wzoru = (1/1000000000000)/210* 6,022140857*1023 mol−1 = 2966666666 atomów (dwa miliardy dziewięćset sześćdziesiąt sześć milionów sześćset sześćdziesiąt sześć tysięcy sześćset sześćdziesiąt sześć )
WNIOSKI:
- okazuje się, że potrzeba co najmniej kilkunastu miliardów atomów, żeby zabić człowieka (LD50), najsilniejszymi truciznami na świecie
-homeopatia operuje substancjami, które nie są tak toksyczne jak najsilniejsze trucizny w stężeniach co najmniej tysiące razy mniejsze, więc nawet jeżeli były by to najsilniejsze trucizny to i tak na organizm nie miały by wpływu przy takich dawkach.
- Popularny środek homeopatyczny na grypę, sprzedawany pod nazwą oscillococcinum, jest wątrobą kaczą rozcieńczoną w stosunku 1:10 exp400 (200C). Jako iż w obserwowalnym wszechświecie znajduje się około 10exp80 atomów, rozcieńczenie jednej cząsteczki w nim wytworzyłoby rozcieńczenie 40C. Oscillococcinum dopiero w objętości wynoszącej około 10320 objętości obserwowalnego wszechświata nie byłoby czystym rozpuszczalnikiem. Rodzi się pytanie czy aby wyprodukować go potrzeba wątroby. Drugie pytanie to czy czy nie jest zanieczyszczony słoniem którego stężenie wynosi tyle samo co wątroba kaczki czyli 1:10400 z dokładnością do 1 atomu ;)
- Homeopatia to placebo II generacji
- Dobra rada – jeżeli już wierzymy w homeopatię, a nie które dawki fizycznie nie zawierają żadnego atomu z wyciągu to radzę podejść w aptece do reklamy i uśmiechnąć się do niej. Wówczas zażyjemy automatycznie od 12C, (24D, 24X) w górę tylko nie przedawkujcie. A zaoszczędzone pieniądze bo właśnie o to chodzi, przekazie potrzebującym.
Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody
Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital) Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody i metody MP2
dr Piotr Wojciechowski
Politechnika Wrocławska
Wersja lektora: - Tekst do prezentacji Praktycznej Szkoły Modelowania II
Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 1, ABC IR oraz sztuka analizy widm
Wersja lektora: Materiał do prezentacji - Praktyczna Szkoła Modelowania II
Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu się na stronach www.molnet.eu pod adresem
Wersja lektora: - Materiał do prezentacji na temat BSSE - Praktyczna Szkoła Modelowania II
Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu się na stronach www.molnet.eu pod adresem
Oddziaływania, błąd superpozycji bazy
Prezentacja:
Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2. Przykłady widm do analizy oraz symulacji
dr Alina T. Dubis
Zakład Chemii Organicznej Instytut Chemii Uniwersytetu w Białymstoku, Al. J. Piłsudskiego 11/4, 15-443 Białystok
molnet.eu
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Oddziaływania, błąd superpozycji bazy
mgr inż. Agnieszka Doskocz
portal molnet.eu
Prezentacja:
Spektroskopia w podczerwieni IR, cz. 1,
ABC IR oraz sztuka analizy widm
Agnieszka i Marek Doskocz
portal molnet.eu
molnet.eu
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego
dr inż. Joanna Kisała
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II , Abc... Spektroskopii Ramana
Diana Dołęga
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Analiza QSAR i predykcja log P
Jacek Kujawski, Anna Myka
Prezentacja:
Praktyczna Szkoła Modelowania II
Nanotechnologia obliczeniowa
Michał Hermanowicz
Wersja lektora: Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem
Nanotechnologia obliczeniowa
Wersja lektora:
Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem
Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego
Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych
Sporządzenie pełnego profilu energetycznego reakcji chemicznej, wraz z kluczowymi produktami pośrednimi oraz stanami przejściowymi, jest dla badaczy nie lada wyzwaniem. Obecnie żaden algorytm zaimplementowany w dostępnym oprogramowaniu do modelowania molekularnego, nie daje użytkownikowi wprost ścieżki modelowanej reakcji począwszy od substratów poprzez produkty pośrednie a skończywszy na produkcie końcowym. W procedurach modelowania mechanizmów reakcji konieczna jest wiedza chemiczna pozwalająca na racjolane zaprojektowanie wszystkich etapów potencjalnej ścieżki reakcji. Niezwykle pomocnym narzędziem w tych obliczeniach może okazać się program Gaussian, który dostarcza użytkownikowi wiele metod (QS, QST2, QST3, TS), służących do obliczania między innymi: stanów przejściowych na podstawie struktur, które są zbliżone do: samego stanu przejściowego, substratów, produktów czy też produktów pośrednich. Pomimo tego, że modleowanie mechanizmów reakcji nie jest łatwe, to nie należy się zrażać, trzeba bowiem pamiętać, że cierpliwa praca daje w końcu upragnione rezultaty. Poniżej chcieliśmy zaproponować kilka etapów, które naszym zadniem są niezbędne podczas modelowania mechanizmów reakcji chemicznych.
Strona 1 z 3