Poniżej znajdują się wszystkie zagadnienia obejmujące problemy chemii obliczeniowej.

Każdy wie co to są leki homeopatyczne. W skrócie można powiedzieć, że jest to bardzo, bardzo, bardzo, bardzo i bardzo duże rozcieńczenie związków – które mają pomagać. Zwolnicy mówią o ich działaniu przewyższającym placebo.
Placebo (łac. będę się podobał) – substancja lub działanie (np. zabieg chirurgiczny) obojętne, niemające wpływu na stan zdrowia pacjenta, podawane choremu jako terapia. Chory nie wie, że to, co zastosowano, nie jest prawdziwym leczeniem, zaś wszystko (dla leku głównie: wygląd, zapach, smak, konsystencja), oprócz leczniczych właściwości placebo jest takie samo, jak rzeczywistej terapii. Często zastosowanie prawdziwego leku mogłoby być szkodliwe dla pacjenta, ale oszukanie go przez wmówienie, że przyjął lek, może poprawić jego sytuację psychiczną. Placebo stosuje się również w badaniach nad działaniem leków, zabiegów medycznych i niekonwencjonalnych, używając go w ślepych i podwójnie ślepych próbach.


Tak więc przeanalizujmy stężenia w roztworach. Dla naszego przykładu weżniemy 100gram czystej wody i będziemy ją rozcieńczali jakimś rozpuszczalnikiem. 100 gram to jest ok 1/3 szklanki wody.
Ilość cząsteczek wody zawartej możemy wyliczyć ze wzoru

Liczba cząsteczek = (masa substancji / Masę molową ) * Stała Avogadro

więc początkowo mamy: (zakładam gęstość wody jako 1g/cm3, masę molową 18g/mol)

Liczba cząsteczek = 100[g]/ 18[g/mol] * 6,022140857*1023 mol−1

oczywiście, aby lepiej to wyjaśnić poniżej zaprezentujemy bez używania potęg 10. Jest to zabieg po to aby lepiej poczuć skale wielkości. Tak więc liczba cząsteczek wody to:

3 345 633 809 444 440 000 000 000

słownie: trzy kwadryliony trzysta czterdzieści pięć tryliardów sześćset trzydzieści trzy tryliony osiemset dziewięć biliardów czterysta czterdzieści cztery biliony czterysta czterdzieści miliardów złotych.

A teraz popatrzymy na rozcieńczenia:

SKALA D SKALA C SKALA Rozcieńczenie Objętość pierwotna ilość moli wody Liczba cząsteczek wody po rozcieńczeniu  
      0 100 5,55555555555556000000 3 345 633 809 444 440 000 000 000,0 nierozcieńczona
1D - 1X 1:10 10 0,55555555555555600000 334 563 380 944 444 000 000 000,0 opisywane jako niska potencja
2D 1C 2X  1:100 1 0,05555555555555560000 33 456 338 094 444 400 000 000,0 nazywane wyższą potencją przez homeopatów
3D   3X 1:1000 0,1 0,00555555555555556000 3 345 633 809 444 440 000 000,0  
4D 2C 4X 1:10000 0,01 0,00055555555555555600 334 563 380 944 444 000 000,0  
5D   5X   0,001 0,00005555555555555560 33 456 338 094 444 400 000,0  
6D 3C 6X   0,0001 0,00000555555555555556 3 345 633 809 444 440 000,0  
7D   7X   0,00001 0,00000055555555555556 334 563 380 944 444 000,0  
8D 4C 8X   0,000001 0,00000005555555555556 33 456 338 094 444 400,0 dopuszczalne stężenie arszeniku w wodzie pitnej w USA
9D   9X   0,0000001 0,00000000555555555556 3 345 633 809 444 445,0  
10D 5C 10X   0,00000001 0,00000000055555555556 334 563 380 944 444,0  
11D   11X   0,000000001 0,00000000005555555556 33 456 338 094 444,4  
12D 6C 12X   1E-10 0,00000000000555555556 3 345 633 809 444,5  
13D   13X   1E-11 0,00000000000055555556 334 563 380 944,4  
14D 7C 14X   1E-12 0,00000000000005555556 33 456 338 094,4  
15D   15X   1E-13 0,00000000000000555556 3 345 633 809,4  
16D 8C 16X   1E-14 0,00000000000000055556 334 563 380,9  
17D   17X   1E-15 0,00000000000000005556 33 456 338,1  
18D 9C 18X   1E-16 0,00000000000000000556 3 345 633,8  
19D   19X   1E-17 0,00000000000000000056 334 563,4  
20D 10C 20X   1E-18 0,00000000000000000006 33 456,3  
21D   21X   1E-19 0,00000000000000000001 3 345,6  
22D 11C 22X   1E-20 0,00000000000000000000 334,6  
23D   23X   1E-21 0,00000000000000000000 33,5  
24D 12C 24X   trzy cząsteczki 0,00000000000000000000 3,3  
25D   25X   tu już nie ma ;)   1/3 cząsteczki wody  
26D 13C 26X          
27D   27X          
Dalej nie ma sensu…………              

 graficznie:

 

 

A teraz z analizujmy najsilniejsze trucizny świata i ich stężenia


Toksyna butylinowa (jad kiełbasiany) o wadze ok 50kDa (Masa molowa ok 50 000g/mol). Wartości LD50 zarejestrowane dla tych siedmiu protein to około 5 ng/kg (ng oznacza nanogram, czyli miliardową część grama). Toksyczne jest już =(5*0.000000001[g])/50 000[g/mol] * 6,022140857*1023 mol−1 = czyli 62300000000 cząsteczek, (sześćdziesiąt dwa miliardy trzysta milionów cząsteczek)

Polon-210 Dawka trująca to bilinowa część grama. Czyli ilość atomów można obliczyć z wzoru = (1/1000000000000)/210* 6,022140857*1023 mol−1 = 2966666666 atomów (dwa miliardy dziewięćset sześćdziesiąt sześć milionów sześćset sześćdziesiąt sześć tysięcy sześćset sześćdziesiąt sześć )


WNIOSKI:

- okazuje się, że potrzeba co najmniej kilkunastu miliardów atomów, żeby zabić człowieka (LD50), najsilniejszymi truciznami na świecie
-homeopatia operuje substancjami, które nie są tak toksyczne jak najsilniejsze trucizny w stężeniach co najmniej tysiące razy mniejsze, więc nawet jeżeli były by to najsilniejsze trucizny to i tak na organizm nie miały by wpływu przy takich dawkach.
- Popularny środek homeopatyczny na grypę, sprzedawany pod nazwą oscillococcinum, jest wątrobą kaczą rozcieńczoną w stosunku 1:10 exp400 (200C). Jako iż w obserwowalnym wszechświecie znajduje się około 10exp80 atomów, rozcieńczenie jednej cząsteczki w nim wytworzyłoby rozcieńczenie 40C. Oscillococcinum dopiero w objętości wynoszącej około 10320 objętości obserwowalnego wszechświata nie byłoby czystym rozpuszczalnikiem. Rodzi się pytanie czy aby wyprodukować go potrzeba wątroby. Drugie pytanie to czy czy nie jest zanieczyszczony słoniem którego stężenie wynosi tyle samo co wątroba kaczki czyli 1:10400 z dokładnością do 1 atomu ;)
- Homeopatia to placebo II generacji
- Dobra rada – jeżeli już wierzymy w homeopatię, a nie które dawki fizycznie nie zawierają żadnego atomu z wyciągu to radzę podejść w aptece do reklamy i uśmiechnąć się do niej. Wówczas zażyjemy automatycznie od 12C, (24D, 24X) w górę tylko nie przedawkujcie. A zaoszczędzone pieniądze bo właśnie o to chodzi, przekazie potrzebującym.

Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital)
Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody

Analiza NBO (ang. Natura Bond Orbital) Omówienie analizy NBO na przykładzie cząsteczki wody i metody MP2

dr Piotr Wojciechowski
Politechnika Wrocławska

Wersja lektora:  - Tekst do prezentacji Praktycznej Szkoły Modelowania II

Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem

Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 1, ABC IR oraz sztuka analizy widm

Wersja lektora: Materiał do prezentacji - Praktyczna Szkoła Modelowania II

Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu się na stronach www.molnet.eu pod adresem

 

Wersja lektora: - Materiał do prezentacji na temat BSSE - Praktyczna Szkoła Modelowania II

Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu się na stronach www.molnet.eu pod adresem


Oddziaływania, błąd superpozycji bazy

Prezentacja:

Spektroskopia w podczerwieni IR cz. 2. Przykłady widm do analizy oraz symulacji

dr Alina T. Dubis

Zakład Chemii Organicznej Instytut Chemii Uniwersytetu w Białymstoku, Al. J. Piłsudskiego 11/4, 15-443 Białystok

molnet.eu

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Oddziaływania, błąd superpozycji bazy

mgr inż. Agnieszka Doskocz

portal molnet.eu

Prezentacja:

Spektroskopia w podczerwieni IR, cz. 1,
ABC IR oraz sztuka analizy widm

Agnieszka i Marek Doskocz

portal molnet.eu

Tekst lektora

molnet.eu

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego

dr inż. Joanna Kisała

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II  , Abc... Spektroskopii Ramana

Diana Dołęga

Wesja na pełny ekran

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Analiza QSAR i predykcja log P

Jacek Kujawski, Anna Myka

Wesja na pełny ekran

Prezentacja:

Praktyczna Szkoła Modelowania II

Nanotechnologia obliczeniowa

Michał Hermanowicz

Wersja lektora:  Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem

Nanotechnologia obliczeniowa

Wersja lektora:

Prezentacje w formie multimedialnej znajdziesz po zalogowaniu sie na stronach www.molnet.eu pod adresem

 

Rozkład ładunku na cząsteczce (Mulliken, Chelp) na przykładzie kationu allilowego

Jak liczymy mechanizmy reakcji chemicznych

Sporządzenie pełnego profilu energetycznego reakcji chemicznej, wraz z kluczowymi produktami pośrednimi oraz stanami przejściowymi, jest dla badaczy nie lada wyzwaniem. Obecnie żaden algorytm zaimplementowany w dostępnym  oprogramowaniu do modelowania molekularnego, nie daje użytkownikowi wprost ścieżki modelowanej reakcji począwszy od substratów poprzez produkty pośrednie a skończywszy na produkcie końcowym. W procedurach modelowania mechanizmów reakcji konieczna jest wiedza chemiczna pozwalająca na racjolane  zaprojektowanie wszystkich etapów  potencjalnej ścieżki reakcji. Niezwykle pomocnym narzędziem w tych obliczeniach może okazać się program Gaussian, który dostarcza  użytkownikowi wiele metod (QS, QST2, QST3, TS), służących do obliczania między innymi: stanów  przejściowych   na podstawie struktur, które są zbliżone do: samego stanu przejściowego, substratów, produktów czy też produktów pośrednich.  Pomimo tego, że modleowanie mechanizmów reakcji nie jest łatwe, to nie należy się zrażać, trzeba bowiem pamiętać, że cierpliwa praca daje w końcu upragnione rezultaty. Poniżej chcieliśmy zaproponować kilka etapów, które naszym zadniem są niezbędne podczas modelowania mechanizmów reakcji chemicznych.