Poniżej znajdują się wszystkie zagadnienia z modelowania molekularnego obejmujące problemy chemii obliczeniowej, spektroskopii, katalizy. Informacje nie są usystematyzowane, możesz przeszukać je, przeglądając artykuły. Materiały te powstały podczas Praktycznych szkół Modelowania Molekularnego i są oferowane nie odpłatnie. Jeżeli chcesz, dostępne są dwie książki do pobrania w naszym innym serwisie rozwijanym z pasji do popularyzacji wiedzy i chęci przekazania tej pasji dzieciom.
W 2024 przeszedł całkowitą przemianę, przebudowę i skupiliśmy się na tym, czym zajmujemy się zawodowo parę lat i chcielibyśmy wprowadzić to na wyższy poziom.
Początkami serwisu były materiały opublikowane w skrypcie do Modelowanie molekularne w chemii organicznej[1]. Następnie materiały te zostały rozbudowane, poprawione, dodane nowe działy w taki sposób, że serwis zaczął żyć własną oryginalną formą. Część nowych materiałów wciąż jest podczas procesu redakcji. Staramy się, żeby każdego tygodnia zostały dodane nowe dodatkowe materiały. Forma skryptu na którym bazował jest już nieaktualna, i najbardziej aktualną wiedzą z zakresu Praktycznego Modelowania Molekularnego jest prezentacja w postaci serwisu www.molnet.eu. Dążymy do tego, aby portal ten był praktycznym wykorzystaniem wiedzy z modelowania do rozwiązywania problemów, przewidywania badań. "Molnetowskie" treści dotyczące Modelowania Molekularnego znajdujące się poza działami to:
- Wstęp do modelowania
- Zapis cząsteczki w postaci Z-macierzy i w układzie kartezjańskim
- Przesyłanie plików do Centrów Komputerowych
- Energia - Geometria - Optymalizacja
- Przeliczanie energii
- Molekularny elektrostatyczny potencjał (w recenzji)
- Modelowanie mechanizmów reakcji chemicznych (w ostatniej fazie przygotowania)
- Energia oddziaływania (w recenzji)
- Błąd w Superpozycji Bazy BSSE (w recenzji)
Dodatkowe materiały znajdują się w działach:
- Ćwiczenia
- Programy: Gaussian, GaussView, Hyperchem
- Molekularna biblioteka
- Galeria
14 lutego przypadają Walentynki, z tej okazji portal www.molnet.eu przygotował dla was specjalną galerię – do wykorzystania dla każdego zwariowanego i zakochanego chemikaL
Szczegóły galerii:
Wykonanie:
Wykonana darmowym oprogramowaniem ChemSketch, Molden, GhostSript, OpenOffice, a także dzięki uprzejmości koledze z wykorzystaniem programu Matlab.
Licencja:
Dla wszystkich zakochanych na licencji Creative Commonts z informacją, że grafika pochodzi ze stron www.molnet.eu ;), dla zainteresowanych możliwość jest wydruk cząsteczek w technologi 3D.
Chemia:
Hem, jest niebiałkową częścią wielu enzymów, wchodzi w skład hemoglobiny oraz mioglobiny. Centralna część hemu posiada strukturę porfiryny, wiąże ona atom żelaza (Fe). Cząsteczka hemu jest płaska i silnie absorbuje światło widzialne – dlatego ma kolor czerwony. Hem wiąże się z odpowiednim białkiem. Tak utworzona hemoglobina może absorbować tlen, a następnie przenosić do organizmu, dlatego hem jest niezbędny do prawidłowego życia. Hem->hemoglobina->czerwone ciałka krwi->krew->serce ->walentynki
LOVE Peptyt tworzony przez Leucyne Pyrolizyne Waline i Kwas Glutaminowy można zapisać za pomocą skrótów jednoliterowych L-O-V-E czyli LOVE. Jak trzy pozostałe aminokwasy są znane tak Pyrolizyna (ang. pyrrolisine) jest już mniej znana. Pyrrolizyna jest 22 odkrytym aminokwasem, który jest normalnie kodowany. IUPAC/IUBMB zaleca nazwę trzyliterową Pyr i jednoliterową O dla tego aminokwasu więcej można przeczytać w artykule: http://pubs.acs.org/cen/topstory/8021/8021notw1.html
Fenyloetyloamina – jedna z substancji chemicznych odpowiedzialna za stan zakochania oraz euforii :)
Zapraszam chętnych do przysyłania swoich propozycji kartek, tekstów dla zwariowanych chemików oraz naukowców do galerii nawiązując kontakt poprzez formularz kontaktowy.
Jednym z programów oferujących pokazywanie cząsteczek w 3D są programy w pakiecie ACDLabs. Programy te można pobrać za darmo ze strony producenta.: http://www.acdlabs.com Poniżej znajduje się kilka sposobów przedstawienia cząsteczek witam A, B2, B5 właśnie tym oprogramowanie.
Witamina A – zbiorcza nazwa organicznych związków chemicznych z grupy retinoidów ( najważniejszy z nich jest retinol), pełniących w organizmie funkcję niezbędnego składnika pokarmowego, rozpuszczalnej w tłuszczach witaminy. Niedobór powoduje między innymi zespoł zwany kurzą ślepotą.
Witamina B2 (ryboflawina, E101, łac. riboflavinum) – związek chemiczny który jest połączeniem rybitolu i flawiny. Niedobór może powodować zaburzenia w funkcjonowaniu układu nerwowego oraz stany zapalne błon śluzowych.
Witamina B5 (kwas pantotenowy, amid kwasu pantoinowego i β-alaniny) – związek chemiczny, bardzo rozpowszechniony w świecie roślinnym i zwierzęcym (cząstka pan oznacza "wszystko", "wszech-", a pantotenowy to inaczej "wszechobecny"). Niezbędny jest on dla każdej żywej komórki.
Chemia organiczna dla swoich związków wymyśla przeróżne nazwy, cześć z nich jest śmieszna np.: megaphone, część zaskakująca np.: erotic acid.... zobaczcie sami, jak mogą się nazywać związki: Nazwy związków zostały zaczerpnięte ze strony http://www.chm.bris.ac.uk/sillymolecules/sillymols3.htm
Chemicy syntezując różne związki chemiczne wykazują się czasami fantazją otrzymując cząsteczki przypominające swoim kształtem na papierze na przykład ,,ludziki''. W 2003 roku została opublikowana w praca Chanteau i Tour dotyczących struktur, które przedstawione za pomocą schematów mają kształty antromorficzne. Wielkość ,,ludzika'' to ok. 1,8 nm.
Chanteau, S. H.; Tour, J. M., Synthesis of Anthropomorphic Molecules: The NanoPutians. J. Org. Chem. 2003, 68, (23), 8750-8766;
Obrazy generowane programem ChemCraft http://www.chemcraftprog.com/
- Chinina
- Biopaliwa
- Galeria - Barwniki spożywcze (E....)
- GaussSum
- Przygotowanie pierwszego pliku z obliczeniami
- Wstępna optymalizacja struktury za pomocą programu Molden
- Materiały multimedialne do programu Molden
- Zapisywanie do pliku w programie Molden
- Konstrukcja cząsteczki w programie Molden
- Molden -
- Przesyłanie plików do Centrów Komputerowych -2010
- ArgusLab - Rafał Koczeń
- Rysowanie wzorów chemicznych - MDL ISIS/Draw
- 3d.molnet.eu
- Mg2+ (H2O)6 - alizaryna