Poniżej znajdują się wszystkie zagadnienia z modelowania molekularnego obejmujące problemy chemii obliczeniowej, spektroskopii, katalizy. Informacje nie są usystematyzowane, możesz przeszukać je, przeglądając artykuły. Materiały te powstały podczas Praktycznych szkół Modelowania Molekularnego i są oferowane nie odpłatnie. Jeżeli chcesz, dostępne są dwie książki do pobrania w naszym innym serwisie rozwijanym z pasji do popularyzacji wiedzy i chęci przekazania tej pasji dzieciom.
Proszę ściągnąć odpowiedni plik na komputerze, a następnie rozpakować go oraz zapoznać się z materiałem:
Konstruowanie cząsteczek (spakowany plik avi (2.5Mb), spakowany plik swf(2.5Mb))
Obracanie cząsteczki, powiększanie, zmniejszanie (spakowany plik avi (2.3Mb), spakowany plik swf (1.7Mb))
Pomiar długości wiązań, kątów (spakowany plik avi (2.5Mb), spakowany plik swf (1.8Mb))
Pomiar odległości (spakowany plik avi (2.0Mb), spakowany plik swf (1.7Mb))
Zmiana sposobu wyświetlania (spakowany plik avi (2.9Mb), spakowany plik swf (3.0Mb)
Zapis do pliku
Zapisanie skonstruowanej cząsteczki do pliku można zrobić dwojako:
Z poziomu edytora Z-macierzy w okienku File name Wpisujemy nazwę pliku (wraz z rozszerzeniem) oraz wybieramy format pliku (GAMESS US/UK, Gaussian, Mopac, Cartesian). Opcja Cartesian posiada menu kontekstowe z możliwością wyboru formatu pliku dla współrzędnych kartezjańskich (XYZ, Mol2, MSF, Tinker, Tinker QM/MM). Po wpisanu nazyw pliku klikamy przycisk Write Z-Matrix i całość zapisuje się do pliku, który znajduje się w katalogu programu Molden.
Konstruowanie cząsteczki
Na samym początku zapoznajmy się z zapisem Z-macierzy.
Konstruowanie cząsteczki w Moldenie odbywa się za pomocą edytora Z-macierzy (przycisk ZMat Editor w podmenu Miscellaneous. Czynność ta nie należy do intuicyjnych i zapewne będzie wymagała poćwiczenia w tworzeniu cząsteczek tym sposobem.
Molden jest darmowym programem służącym do przygotowania obliczeń teoretycznych oraz do wizualizacji wyników wykonanych w programach takich jak: GAMESS UK, GAMESS US, Gaussian, Molpro, Molcas, Jaguar, ADF, Dalton, Mopac/Ampac. Za pomocą tego programu możemy wyświetlać strukturę związków, drogę optymalizacji, orbitale molekularne, gęstość elektronową, potencjał elektrostatyczny (ESP), moment dipolowy, a także ładunki Mullikena. Oprogramowanie to umożliwia również śledzenie ścieżki reakcji chemicznych (IRC) oraz wizualizację drgań cząsteczki. Program ma możliwość optymalizacji geometrii, posiada własne pole siłowe – ambfor, które może w połączeniu z polami siłowymi Amber (dla białek) oraz garfla (dla małych cząsteczek) wykorzystać do optymalizacji. Niewątpliwie jedną z największych zalet programu jest rozbudowany edytor Z-macierzy, który daje pełną kontrolę geometrii cząsteczki i pozwala budować molekuły od podstaw, a także korzystać z bibliotek struktur. Za pomocą programu można również tworzyć różnego rodzaju instrukcje graficzne, np.: PostScript, X-Window, VRML, PovRay, OpenGL.
Dział ten opracował Paweł Grabowski, poprawki M. Doskocz
- Przesyłanie plików do Centrów Komputerowych -2010
- ArgusLab - Rafał Koczeń
- Rysowanie wzorów chemicznych - MDL ISIS/Draw
- 3d.molnet.eu
- Mg2+ (H2O)6 - alizaryna
- Fulleren
- Nanorurka
- Alkohole- Właściwości biologiczne oraz toksyczne -etanol. metanol
- Warsztaty NANO
- Projektowanie leków - qsar
- Modelowanie molekularne biocząsteczek I
- Modelowanie molekularne biocząsteczek II
- Mały wykład z mechaniki kwantowej
- Skrypt do Mechaniki Kwanowej - Stanisław Kryszewski
- Skrypt do Bioinformatyki - dr Ewa Banachowicz