Poniżej znajdują się wszystkie zagadnienia z modelowania molekularnego obejmujące problemy chemii obliczeniowej, spektroskopii, katalizy. Informacje nie są usystematyzowane, możesz przeszukać je, przeglądając artykuły. Materiały te powstały podczas Praktycznych szkół Modelowania Molekularnego i są oferowane nie odpłatnie. Jeżeli chcesz, dostępne są dwie książki do pobrania w naszym innym serwisie rozwijanym z pasji do popularyzacji wiedzy i chęci przekazania tej pasji dzieciom.
Każda młoda osoba zaczynająca przygodę z modelowaniem na samym początku szuka własnego sposobu przedstawiania swoich wyników - czyli tak zwanej wizualizacji. Po wykonaniu obliczeń lub w jego trakcie mamy możliwość oglądania struktur korzystając z różnych programów chemicznych. W tym miejscu pragniemy zademonstrować możliwości programu Molekel. Jako przykład posłuży nam cząsteczka jednego z najważniejszych leków przeciw malarii - chinina. Związek ten na co dzień możemy spotkać w napojach typu tonik którym nadaje charakterystyczny gorzkawy smak.
Struktura chininy jest z optymalizowana metodą B3LYP/6-31G(d,p).
Obliczenia zostały przeprowadzone programem Gaussian 03, we Wrocławskim Centrum Sieciowo Komputerowym.
Przemysł motoryzacyjny jest jednym z najbardziej rozwijających się gałęzi gospodarki. U podstawą przemysły są paliwa, które używa się do napędzania pojazdów. Oprócz popularnej benzyny czy oleju napędowego występują inne paliwa, które wchodzą – lub weszły już do szerokiego użycia. Poniżej prezentujemy listę paliw, a w galerii rysunki cząsteczek będących podstawą tych paliw. Informację o paliwach pochodzą ze strony www.greenweal.eu, tam także znajdziesz dokładniejszy opis paliw, modele cząsteczek zostały wykonane programem molden. Grafikę można wykorzystać nie komercyjnie z podaniem aktywnego linku do strony www.molnet.eu
Wodór, biowodór, H2 – paliwo przyszłości, podczas spalania tego paliwa wydziela się woda
CNG, NGH, metan, CH4 – paliwo, które jest konkurencją dla LPG. Duże pokłady metanu występujące jako hydraty znaleziona na dnia oceanów.
E100, E95, E85, E20, E10 – etanol, lub mieszanina etanolu 95%, 85%, 20%, 10% z benzyną Bioestry,
Biodiesel - są to estry metylowe wyższych kwasów tłuszczowych – FAME lub estry metylowe oleju rzepakowego – RME
Bio-DME – eter dimetylowy, CH3OCH3 - paliwo gazowe przeznaczone do silników typu diesla
Bio-ETBE – jest to eter etylowo-tert-butylowy, głównie stosowany jest w biokomponentach
Bio-MTBE – jest to eter metylowo-tert-butylowy – głównie stosowany jest jako biokomponent
Biobutanol, butanol - jest to mieszanina alkoholi C4H9OH – izomerów: n-butanolu, 2-butanolu, 2-metylo-2-propanolu, 2-metylo-2-propanolu. Przeważnie jest używany jako mieszanina 8-32% z benzyną
LPG – najbardziej popularne paliwo obok benzyny i ON, jest mieszaniną węglowodorów głównie butanu i propanu.
Barwniki spożywcze stanowią jedno z podstawowych dodatków do produktów. poniżej zamieściliśmy galerie kilku struktur tych barwników. Współrzędne są w komentarzach.
Amarant (E123) - barwnik organiczny używany jako barwnik spożywczy. Ma barwę ciemnoczerwoną oraz dobrą wytrzymałość na wysoką temperaturę i światło. Obecnie stosowany do barwienia nielicznych produktów spożywczych, takich jak niskoprocentowe napoje alkoholowe oraz kawior, a także do barwienia produktów takich jak szminnki
Annato (biksyna) E160b, żółtopomarańczowy (pomarańczowoczerwony) barwnik terpenowy z grupy karotenoidów otrzymywany naturalnie z nasion drzewa tropikalnego Bixa orellana. Stosowany do barwienia margaryn, olejów, żółtych serów także stosowany do barwienia tkanin na kolo pomarańczowy.
Azorubina, karmoizyna, czerwień azowa (E122) jest to barwnik koloru czerwonego rozpuszczalny w wodzie. Służy do barwienia żywności (budynie, marcepan, rolady (ciasto), sernik, dżemy, marmolady, konfitury, jogurty, galaretki, kisiele). Azorubina może powodować reakcje alergiczne u ludzi nie tolerujących salicylanów. Jest również czynnikiem uwalniającym histaminę i może potęgować objawy astmy.
Betanina (E162) barwnik koloru ciemnoczerwono-fioletowego. Znajduje się ona w stosunkowo dużych stężeniach w burakach ćwikłowych. Betaina jest wrażliwy na wysoką temperaturę. Podczas gotowania jego barwa zmienia się na brunatno - Oliwkową (cząsteczka betaniny przechodzi w dwa inne barwniki), lecz zmianom tym zapobiec można poprzez obniżenie pH środowiska (zakwaszenie). Obniżanie pH środowiska po zmianie barwy betaniny na brunatno - oliwkową powoduje częściowy powrót barwy.
Źródło wiki
Program GaussSum służy do wyodrębnienia informacji z plików wynikowych z takich programów jak ADF, GAMESS, GAMESS UK, Gaussian, Jaguar. Korzystając z tego programu można wykonać
Wyszukiwanie ciągu znaku w pliku wynikowym,
śledzić postępy konwergencji SCF,
śledzić postępy optymalizacji geometrii,
oraz analizować,
orbitale molekularne,
DOS, COOP,
UV-Vis,
CD Dichroizm kołowy,
- Wstępna optymalizacja struktury za pomocą programu Molden
- Materiały multimedialne do programu Molden
- Zapisywanie do pliku w programie Molden
- Konstrukcja cząsteczki w programie Molden
- Molden -
- Przesyłanie plików do Centrów Komputerowych -2010
- ArgusLab - Rafał Koczeń
- Rysowanie wzorów chemicznych - MDL ISIS/Draw
- 3d.molnet.eu
- Mg2+ (H2O)6 - alizaryna
- Fulleren
- Nanorurka
- Alkohole- Właściwości biologiczne oraz toksyczne -etanol. metanol
- Warsztaty NANO
- Projektowanie leków - qsar